Akademik Veri Yönetim Sistemi
Diğer Resmi Kurumlarca Desteklenen Proje, 2023 - 2024
Menenjit etkeni olan potansiyel patojen mikroorganizmaların listesi oldukça geniştir ve bazı vakalarda
neden olan patojenler, kapsamlı tanı testlerine rağmen gözden kaçmaktadır. Mevcut mikrobiyolojik tanı
yöntemleri arasında,olası neden olan ajanın önceden bilinmesi ile sınırlı olan BOS örneklerini kültürünün
yapılması ve nükleik asitlerin saptanması yer alır. Kültür yapılması ile çok çeşitli mikroorganizmaları
tespit edebilir; ancak, canlı ve kültürlenebilir patojenlerle sınırlıdır, çoğu zaman alıcı ve düşük pozitifliğe
sahiptir. Buna karşılık, nükleik asit tespiti hızlıdır ve oldukça hassastır, ancak bilinen patojenlerin genetik
olarak korunmuş bölgeleriyle sınırlıdır. Mikrobiyoloji (ıslak) laboratuvarında, mNGS analizi bir dizi klinik
numune işleme, kütüphane hazırlama ve dizileme adımlarını içerir. Bu seriyi biyoinformatik analizler ve
mNGS verilerinin hesaplamalı (kuru) laboratuvarda yorumlanması takip eder. Metagenomik yeni nesil
dizileme ile birden çok türü ayırt etme ve numunelerdeki bilinmeyen türleri belirleme yeteneğine sahiptir.
Metagenomik yöntemlerde klinik numunede bulunan toplam nükleik asit sıralanır, böylece numunelerdeki
mikroorganizmaları ve bilinmeyen türleri identifiye etmek için tarafsız bir araç sağlanır.Enfeksiyonun
zamanında tanısı ve enfeksiyona neden olan patojenin tanımlanması, morbidite ve mortaliteyi azaltmak
ve hastaları iyileştirmek için büyük önem taşımaktadır. Patojenlerin hızlı tespiti, erken hedefe yönelik
antimikrobiyal tedaviye izin verir ve daha az ilaca bağlı yan etkilere, daha az antibiyotik direncine,daha
düşük tıbbi harcamalara ve daha yüksek hayatta kalma oranlarına yol açabilir. Elde edilen bilgiler salgın
araştırmalarında kullanılabilir. Bu teknolojinin kullanmı ile klasik kültür yöntemleriyle üretilemeyen
patojenler hakkında bilgilerin arttırılması, moleküler çalışmalarda tecrübe kazanılması, verilerin
kaydedilmesi, patojenlerle ilgili kütüphanelerin oluşturulması, enfeksiyon önleme ve tıbbi mikrobiyoloji
laboratuvarında büyük rol oynayabilir.
Bu çalışmada klinik olarak menenjit tansı almış ve hastanemize yatırılarak tedavi edilen hastalarda,
bakteriler açısından en yaygın patojenler ve mikrobiyotayı saptamak amacıyla, yaklaşık 30 hastanın
Beyin omurilik sıvısında (BOS) metagenomik yeni nesil dizileme (mNGS) yöntemi kullanılarak
mikrobiyota analizleri yapılacaktır.