Akademik Veri Yönetim Sistemi
Aydemir M. N. (Yürütücü), Çaçan E.
TÜBİTAK Projesi, 2022 - 2024
Mitokondri, temelde oksidatif fosforilasyon
olmak üzere hücrede birçok önemli yolakta görevlidir. Bu nedenle, mitokondriyal
işlev bozukluklarının başta kanser olmak üzere birçok hastalık ile ilişkili
olduğu düşünülmektedir. Bilinen mitokondriyal gen içeriğinin oldukça sınırlı
olması nedeniyle, kanser ile ilişkili mitokondriyal yolaklarda görevli
proteinler büyük ölçüde nükleer genomdan sentezlenmektedir. Fakat mitokondriyal
genomdan kodlanan bazı gen mutasyonlarının da kanserle ilişkili olduğu, bununla
birlikte mitogenom kopya sayısının, mitokondriyal SNV’ lerin de kanserle
ilişkili olduğu bilinmektedir. Over kanseri gibi kemoterapiye direnç
gelişebilen ve dolayısıyla yüksek ölüm oranlarına sebep olan kanserlerde ise
kemoterapi sonrasında da mitokondriyal mutasyonların indüklendiği bulunmuştur.
Bu çalışmada, sağlıklı, kemoterapiye duyarlı ve dirençli tümör hücreleri olmak
üzere üç farklı over dokusu hücre kültüründe yüksek okuma derinliğindeki
mitokondriyal gen ifadesi belirlenecek ve karşılaştırılacaktır. Bunun için
hücre hatları yeterli çoğunluğa ulaştırıldığında, öncelikle mitokondri
sonrasında ise mitokondriyal RNA izole edilecek ve yüksek kapsamlı RNA
dizilemesi yaptırılacaktır. Sonuçta, üç farklı over dokusu hücre hattında
saptanan olası bir varyasyonun mitokondriyal fonksiyon bakış açısıyla
değerlendirilmesi hedeflenmektedir. Son zamanlarda mitokondriyal transkripsiyon
üzerine yapılan çalışmaların artmasıyla, mitogenomun “formal” 37 gene ek olarak
budanmış transkriptler ve kodlama yapmayan RNA molekülleri de kodladığı
bulunmuştur. Bu çalışmada da, bilinen genlere ek olarak alternatif mRNA
formları ve ön çalışmalarla bulunan ORF dizilerinin varlığı sınanacaktır. Böylelikle,
temelde danışmanın bilgi birikiminden yararlanılarak, genelde over kanserinde
özelde ise over kanserinde kemoterapi cevabında mitokondriyal bilinen ve
alternatif gen ifadesinin etkisi araştırılacaktır. Bununla birlikte, özellikle
epigenetik süreçlerin olası etkisinin belirlenmesi için elde edilen bulgular
NCBI veritabanında bulunan DNA ve RNA tabanlı diğer verilerle birlikte de
değerlendirilecektir.