Mitotranskriptomun over kanserinde kemodirenç gelişimi üzerindeki potansiyel etkilerinin araştırılması


Creative Commons License

Aydemir M. N. (Yürütücü), Çaçan E.

TÜBİTAK Projesi, 2022 - 2024

  • Proje Türü: TÜBİTAK Projesi
  • Başlama Tarihi: Haziran 2022
  • Bitiş Tarihi: Ağustos 2024

Proje Özeti

Mitokondri, temelde oksidatif fosforilasyon olmak üzere hücrede birçok önemli yolakta görevlidir. Bu nedenle, mitokondriyal işlev bozukluklarının başta kanser olmak üzere birçok hastalık ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Bilinen mitokondriyal gen içeriğinin oldukça sınırlı olması nedeniyle, kanser ile ilişkili mitokondriyal yolaklarda görevli proteinler büyük ölçüde nükleer genomdan sentezlenmektedir. Fakat mitokondriyal genomdan kodlanan bazı gen mutasyonlarının da kanserle ilişkili olduğu, bununla birlikte mitogenom kopya sayısının, mitokondriyal SNV’ lerin de kanserle ilişkili olduğu bilinmektedir. Over kanseri gibi kemoterapiye direnç gelişebilen ve dolayısıyla yüksek ölüm oranlarına sebep olan kanserlerde ise kemoterapi sonrasında da mitokondriyal mutasyonların indüklendiği bulunmuştur. Bu çalışmada, sağlıklı, kemoterapiye duyarlı ve dirençli tümör hücreleri olmak üzere üç farklı over dokusu hücre kültüründe yüksek okuma derinliğindeki mitokondriyal gen ifadesi belirlenecek ve karşılaştırılacaktır. Bunun için hücre hatları yeterli çoğunluğa ulaştırıldığında, öncelikle mitokondri sonrasında ise mitokondriyal RNA izole edilecek ve yüksek kapsamlı RNA dizilemesi yaptırılacaktır. Sonuçta, üç farklı over dokusu hücre hattında saptanan olası bir varyasyonun mitokondriyal fonksiyon bakış açısıyla değerlendirilmesi hedeflenmektedir. Son zamanlarda mitokondriyal transkripsiyon üzerine yapılan çalışmaların artmasıyla, mitogenomun “formal” 37 gene ek olarak budanmış transkriptler ve kodlama yapmayan RNA molekülleri de kodladığı bulunmuştur. Bu çalışmada da, bilinen genlere ek olarak alternatif mRNA formları ve ön çalışmalarla bulunan ORF dizilerinin varlığı sınanacaktır. Böylelikle, temelde danışmanın bilgi birikiminden yararlanılarak, genelde over kanserinde özelde ise over kanserinde kemoterapi cevabında mitokondriyal bilinen ve alternatif gen ifadesinin etkisi araştırılacaktır. Bununla birlikte, özellikle epigenetik süreçlerin olası etkisinin belirlenmesi için elde edilen bulgular NCBI veritabanında bulunan DNA ve RNA tabanlı diğer verilerle birlikte de değerlendirilecektir.