Akademik Veri Yönetim Sistemi
ÖZTAY F. (Yürütücü), YILDIRIM M.
2024 - 2026
Idiyopatik pulmoner fibrozis (IPF) nadir görülen hastalıklar arasında olmasına rağmen, ilerleyici-irreversibl tipte, agressif seyreden bir hastalık olması ve hasta sağ kalım süresinin 2-5 yıl gibi çok kısa olması nedeni ile önemli bir halk sağlığı problemi oluşturmaktadır.
Pulmoner fibrozis, başta kollajen ve fibronektin proteinleri olmak üzere, ekstrasellülar matriks (ECM) elemanlarının aşırı miktarda
üretimi ve interstisiyel alanda birikimi ile karakterize edilir. Günümüzde IPF tedavisi için FDA tarafından 2014 yılında kullanım onayı
alan pirfenidon ve nintedanib isimli iki anti-fibrotik etkili ilacın kontrollü kullanımı tavsiye edilmektedir. Ancak, bu anti-fibrotik
tedavilere rağmen, çoğu hastada solunum yetmezliği, akut yangılar ve pulmoner hipertansiyon görülebilmekte ve bazı hastalarda
ilaca bağlı yan etkiler oluşabilmektedir. Bu nedenlerden ötürü, yeni anti-fibrotik ajan arayışına devam edilmekte ve preklinik
çalışmalarda farklı anti-fibrotik yaklaşımlar test edilmektedir. Bu yaklaşımlar arasında, fibroblast/miyofibroblast çoğalmasının ve
miyofibroblast farklılaşmasının durdurulması, hastalık sürecinde etkili olan moleküllere karşı geliştirilen antikorların kullanımı,
fibrogenik moleküllerin ve onların uyardığı çeşitli sinyal yollarının inhibisyonuna ve ECM remodellemesine yönelik uygulamalar yer
almaktadır. Ancak, bu anti-fibrotik yaklaşımların çoğu kliniğe yansımamıştır. Mevcut anti-fibrotik yaklaşımların yanında, kollagen ve
fibronektin proteinlerinin miyofibroblastlarda hücre içinde taşınımı ve sekresyonunun önlenmesine yönelik uygulamaların IPF
tedavisi için alternatif yeni bir anti-fibrotik olacağını düşünmekteyiz. Pulmoner fibrozisde kollagen ve fibronektin moleküllerinin
miyofibroblastlarda taşınım ve sekresyon mekanizmaları hakkında yeterli veri bulunmamaktadır. Bu nedenle, önerilen projede insan
akciğer miyofibroblastlarında kollagen ve fibronektin içeren hücre içi vesiküllerin taşınımında rol oynayan moleküllerin belirlenmesi
ve bu moleküllerin yeni bir anti-fibrotik yaklaşım için hedef moleküller olarak tespitine odaklanılmıştır. Bu yeni anti-fibrotik
yaklaşımda, kollagen ve fibronektin moleküllerinin pulmoner miyofibroblastlarda taşınımının önlenerek, bu proteinlerin hücreden
sekresyonlarının azaltılabileceği veya durdurulabileceği öngörülmektedir.
Projede, kollajen ve fibronektin genleri çıkarılmış ve yabani tip (her iki proteini sentezleyebilen) insan akciğer A549 hücreleri,
transforme edici büyüme faktörü-beta (TGF-β) ile uyarılarak, bu hücreler miyofibroblastlara farklılaştırılacaktır. TGF-β, uyarımını
takip eden 24, 48 ve 72 saatlerde hücreler toplanacaktır. Hücrelerden RNA ve protein, medyumdan protein izolasyonu yapılacak,
ardından hücre ve medyumda kollajen ve fibronektin miktarları tayin edilecektir. Ayrıca, hücrelerden KIF5A (kollajen salgı
vesiküllerini taşır) ve Myo5b (fibronektin salgı vesiküllerini taşır) proteinleri çöktürülerek, bu proteinlerle fiziksel etkileşimi olan
regülatör proteinlerin belirlenmesi kütle spektrofotmetresi ile yapılacaktır. İlk kez belirlenecek olan regülatör proteinlerden
ekspresyonu yukarı (upregüle) ve aşağı yönlü (downregüle) değişen proteinlerden ilk 3 tanesi olmak üzere toplam 6 aday regülatör
proteinin varlığı primer insan akciğer fibroblastlarında ve fibrotik ve fibrotik olmayan insan akciğer örneklerinde araştırılacaktır. Daha
sonra, etkili regülatör protein olabileceğine karar verilen aday regülatör proteinin siRNA aracılı susturumu sonrasında
miyofiboblastlardaki kollajen ve fibronektin proteinlerinin taşınımlarının durdurulup durdurulmadığı tespit edilecektir.
Önerilen projede, kollajen ve fibronektin proteinlerinin hücre içi taşınımlarını regüle eden proteinlerin ilk kez belirlenecek olması
elde edilecek verileri özgün kılmaktadır. Bu veriler doğrultusunda regülatör proteinlerin IPF tanı ve tedavisi için potansiyel
moleküller olarak önerilmesi ve yeni tedavi yaklaşımının patentlenebilmesi mümkün olabilecektir.