Akademik Veri Yönetim Sistemi
Demokan S. (Yürütücü), Ak G., Ulusan M., Olgaç N. V.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2020 - 2022
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), baş-boyun bölgesi tümörlerinin yarısını ve oral kanserlerin ise %90’ından fazlasını oluşturmaktadır. Sigara ve alkol kullanımı başta olmak üzere viral ajanlar, ırk, yaş, mesleki maruziyet ve coğrafik konum gibi etiyolojik faktörler OSCC kanserinin gelişiminde rol oynamaktadır. OSCC için en önemli etiyolojik faktörlerden biri ise oral premalin lezyonlardır (OPML). OPML’nin maliniteye dönüşüm riskini önceden belirleyebilecek biyobelirteçlerin keşfi hem erken tanıda kullanılması hem de tedavide potansiyel ilaç hedeflerinin belirlenmesi için oldukça önemlidir. Baş boyun kanserleri, gen-çevre ilişkisinin en iyi gösterildiği ve epigenetik değişikliklerin sıklıkla gözlendiği kanser türüdür. Epigenetik, çevresel koşulların etkisiyle DNA dizisinde değişikliğe yol açmadan gen ifadesini düzenleyen değişiklikler olarak tanımlanmaktadır. Epigenetik değişikliklerden biri olan DNA metilasyonu, kanserde hipermetilasyon ve hipometilasyon olmak üzere iki şekilde gözlenmektedir. Hipermetilasyon, tümör baskılayıcı genlerin promoter bölgelerindeki CpG adalarının metillenmesiyle gen ifadesinin baskılanması olarak bilinmektedir. DNA hipometilasyonu genom-boyu global gözlenebildiği gibi proto-onkogenlerin onkogenlere dönüşüm mekanizmasında rol oynayan epigenetik modifikasyonlardan biri olarak da tanımlanmaktadır. Daha önce ekibimiz tarafından tamamlanan TÜBİTAK-SBAG-114S497 no’lu “Metilasyon ve mRNA Ekspresyon Array Yöntemleri İle Seçilen Hipermetile Gen Panellerinde Oral Kavitenin Malin ve Premalin Lezyonlarında Yeni Epigenetik Biyobelirteç Araştırılması” başlıklı, OSCC ve OPML’nin epigenetik/genetik mekanizmaları ile malin ve premalin lezyonlar arasındaki farklılıkları sağlıklı populasyonla metilasyon/ekspresyon arrayler yardımıyla integratif biyoinformatik yaklaşım üzerinden karşılaştırmalı olarak belirlediğimiz çalışmamızda, metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalma gözlenen ancak 10 adet biyobelirteç genin ileri validasyonu gerçekleştirilebildi.
Önerilen bu proje kapsamında, önceki projede metilasyon/ekspresyon arraylerin integratif biyoinformatik analizi sonrası belirlenen ancak bütçe nedeniyle çalışılamayan biyobelirteç adayı 5 adet hipermetile/downregüle ve 5 adet hipometile/upregüle genin 20 OSCC, 20 OPML hastası ile 10 sağlıklı bireyin doku ve vücut sıvı örneklerinde (serum, tükürük) metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin doğrulanması amaçlanmaktadır.