Akademik Veri Yönetim Sistemi
Karaman B., Özsait Selçuk B. Ş., Çerçi A. S.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2021 - 2023
nsan Genom Projesinin tamamlanması ile bağımsız iki bireyin genomlarının yaklaşık %99’unun birbirinin
aynı olduğu belirlenmiştir. Kişiler arasındaki bu farklılıklar genetik varyasyon olarak adlandırılmaktadır.
Genetik varyasyon popülasyon içinde ya da popülasyonlar arasında ortaya çıkabilen, tür içerisinde veya
gen alellerinde gözlemlenen farklılıklardır. Bu varyasyonlar kişinin fenotipinde bir değişikliğe yol açmayan
zararsız varyasyonlar olabildiği gibi, hastalık oluşumuna direkt ya da dolaylı katkı sağlayan zararlı
varyasyonlar da olabilmektedir.
Referans genomla kıyaslandığında farklı sayıda bulunan, boyutları 1 kb ve üzeri olan yapısal değişiklikler
kopya sayısı varyasyonu olarak adlandırılmaktadır. Bu yapısal varyant baz çifti sayısını etkilemektedir.
Kopya sayısı varyasyonları bireyden bireye ve türden türe değişmektedir. Çalışmalar herhangi iki bireyin
genomunda kopya sayılarında çeşitlilik olduğunu göstermektedir. Kopya sayısı varyantlarının
monozigotik ikizlerde bile farklı olduğu gösterilmiştir. Bu çeşitliliğin oranı %0.2 kadardır.
Bu tez projesinde, a-CGH çalışması yapılan olgularda saptanmış olan ve klinik etkisi kesinleştirilmemiş
kopya sayısı varyasyonları sınıflandırılarak bir in-house CNV veri tabanı oluşturularak genotip-fenotip
korelasyonu yapılması planlanmaktadır.
Bu varyantların varyasyon, evrim ve hastalık oluşumundaki önemlerine rağmen bu alellerin nasıl
meydana geldiği ve popülasyonlarda nasıl seçildikleri tam olarak anlaşılamamaktadır. Kopya sayısı
varyantlarının doğru anlaşılması biyomedikal araştırmalar ve klinik tanı için oldukça önemlidir. Klinik
genetikçilerin patojen kopya sayısı varyantını benign (zararsız) varyanttan ayırt etmesi gerekir. Bu
varyantların ilişkilerini açıklamak Mendeliyan hastalıklarda ve nadir hastalıklarda de novo ve kalıtımsal
kopya sayısı varyantlarınının önemini gösterecektir. Aynı zamanda ortak hastalıklar için artmış risk ve
belli bir fenotip için niteleyici varyantlar tanımlanabilecektir.
Çalışmamızda array-CGH çalışması yapılmış toplam 2000 hastadan elde edilen veriler kullanılarak
olgularda saptanan CNV, kromozomal lokalizasyonu, klinik özellikleri ve tanıları incelenerek ortak
hastalıklar ve ortak varyantlar arasında bağlantı kurulması hedeflenmektedir. Bu şekilde benzer
bulgularla ilgili aynı köken varyantların da ortaya konulabilmesi hedeflenmektedir.
Bir CNV veritabanı oluşturulması planlandığı gibi, aynı zamanda kopya sayısı varyantı verilerindeki artışa paralel olarak hâlihazırda bilinmeyen pek çok mekanizmanın ortaya konulması sağlanacaktır.