Akademik Veri Yönetim Sistemi
ZEYBEK Ş. Ü. (Yürütücü), AKSAKAL N., ERGEN H. A., GÜROL A. O., YAYLIM İ.
TÜBİTAK Projesi, 2018 - 2021
Projenin amacı, obezite riskiyle ilişkili polimorfizmlerin tespiti ve gerçek zamanlı kantitatif PCR (qPCR) tabanlı yöntemlerin yüksek cihaz maliyeti dezavantajının giderilmesi için, en az DNA dizi analizi kadar hassas sonuçlar verebilen, rekombinaz polimeraz amplifikasyon (RPA) tabanlı bir yöntem ve yöntemi gerçekleştirecek cihazın geliştirilmesidir.
Projede 32 adet genle
ilişkili obeziteye yatkınlık, obezite gelişimi ve obezitenin metabolik
süreçlerle bağlantısını bildirebilecek polimorfizmlerden oluşan bir panel
belirlenmiştir. Vücut kitle indeksi (VKI) ve genetik risk skorlarını
ilişkilendiren çalışmaların çoğunda, projedeki 32 adet Tek Nükleotid
Polimorfizmi (SNP) hedeflenmektedir.
Çalışmada 32 farklı SNP’yi hedefleyen oligolar tasarlanmış
olup RPA ve qPCR reaksiyonlarında kullanılmışlardır. RPA ve qPCR yöntemlerinin her
ikisinin de mutasyon taramasında tespit limitinin 1 kopya hedef/µL olduğu ve
eşdeğer sonuçlar verdikleri belirlenmiştir.
200 tam kan örneğine DNA dizi analizi ve projede
geliştirilen RPA tabanlı analiz ve qPCR tabanlı analiz uygulanmıştır. Örnekler,
50’şer hastanın VKI’ne göre Obez olmayan (VKI<25), Kilolu (25≤VKI<30),
Obez (30≤VKI<35) ve Morbid obez (35≤VKI) olarak gruplandırılmıştır.
Nükleik
asit (NA) ekstraksiyonu projede geliştirilen NA ekstraksiyon robotuyla
gerçekleştirilmiştir. RPA, qPCR ve DNA dizi analizlerindeki sonuçlar %100 uyum
göstermiştir. RPA analizi 25, qPCR analizi 55 dk’da sonuçlanmıştır.
Geliştirilen RPA yöntemi, qPCR analizindeki gerekli süreyi %45 oranında
azaltmıştır. RPA tek sıcaklıkta gerçekleştirilebildiğinden, analizler qPCR’a
göre çok daha basit bir cihazla sonuçlandırılabilmiştir.
RPA
veya DNA amplifikasyonu temelli bir yöntemle obeziteyle ilgili mutasyon
taramalarında ilk defa 32 hedef genin birlikte çalışıldığı kapsamlı bir panel,
bu projede oluşturulmuştur. Böylelikle, mutasyon taramalarında cihaz
maliyetlerinin düşürülerek, obezite dahil birçok genetik risk bağlantılı
hastalığın, toplum tabanlı yaygın çalışılmasının önü açılmıştır.
SNP ilişkili herbir VKİ arttırıcı alel için etki
0,06-0,4 kg/m² arasında değişmektedir. Çalışmamızdaki sonuçlar da literatürle
uyumluluk göstermiştir. Katılımcıların mutasyon profilleri ve VKİ değerleri
arasındaki korelasyonda, istatistiksel olarak önemli bir ilişki bulunmuştur
(r=0,628, p=0,00; istatistiksel önem p<0,05).