miR-638-5P/PGK1 Gene Interaction in Hl60 and NB4 Cells


Özbakış S., Suer İ., Kaya M., Öztürk Ş.

9th International Medicine and Health Sciences Researches Congress, Ankara, Turkey, 18 - 19 March 2022, pp.505-510

  • Publication Type: Conference Paper / Full Text
  • City: Ankara
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.505-510
  • Istanbul University Affiliated: Yes

Abstract

miR-638-5p is an crutial tumor supressor microRNA. PGK1 and SPAG1 genes which are shown as miR-638-5p targets in silico, are known to have oncogenic effects in many cancer types, including AML. There is no study examining the relationship of these genes with miR-638-5p in AML in the literature. Therefore, in this study, miR-638-5p mimic transfection was performed on AML cell lines, and it was aimed to investigate the effect of this transfection on cells at the level of proliferation and gene expression. For this purpose, the qRT-PCR method was used to confirm the transfection. Proliferation measurement was performed using the WST8 method. RNA isolation and cDNA synthesis were performed from transfected HL60 and NB4 cells. PGK1 and SPAG1 gene expression levels were investigated by qRT-PCR method. Student's t test and 2-ΔΔCt methods were used for statistical analysis. Transfection was confirmed by qRT-PCR using the TaqMan primer-probe. It was observed that the cell proliferation in the transfected cells decreased significantly compared to the control group. According to the results of qRT-PCR, it was determined that significantly diminished level of PGK1 gene in both transfected cell lines compared to the control group. No statistically significant alteration was observed in the expression of the SPAG1 gene. As a result, it was determined, at the mRNA level, that miR-638-5p was effective in the decrease of cell proliferation and also PGK1 is targeted by miR-638-5p in HL60 and NB4 cell lines.

miR-638-5p önemli bir tümör baskılayıcı mikroRNA’dır. PGK1 ve SPAG1 genleri AML dahil birçok kanser türünde onkogenik etkisi bilinen genlerdir. İn silico olarak miR-638-5p hedefi olarak gösterilen bu iki genin AML hücrelerindeki ilişkisini inceleyen çalışma bulunmamaktadır. Bu yüzden çalışmada, AML hücre hatlarına miR-638-5p mimik transfeksiyonu gerçekleştirilmiş, bu transfeksiyonun proliferasyon ve gen ekspresyonu düzeyinde hücrelere etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda transfeksiyonun doğrulanması için qRT-PZR yöntemi kullanılmıştır. Proliferasyon ölçümü WST8 yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Transfekte edilen HL60 ve NB4 hücrelerinden RNA izolasyonu yapılarak cDNA sentezlenmiştir. qRT-PZR yöntemi aracılığıyla PGK1 ve SPAG1 gen ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. İstatiksel analiz için Student’s t test ve 2-ΔΔCt yöntemleri kullanılmıştır. Hücrelerde transfeksiyonun başarılı bir şekilde gerçekleştiği TaqMan primer-prob kullanılarak qRT-PZR ile doğrulanmıştır. Hücre proliferasyonunun kontrol grubuna kıyasla anlamlı şekilde azaldığı gözlemlenmiştir. qRT-PZR sonucuna göre transfekte edilen her iki hücre hattında da PGK1 gen ifadesinin kontrol grubuna göre anlamlı oranda azaldığı tespit edilmiştir. SPAG1 geninin ifadesinde istatistiksel olarak anlamlı değişim gözlemlenmemiştir. Sonuç olarak miR-638-5p’nin HL60 ve NB4 hücre hatları proliferasyonun azalmasında etkili olduğu ve PGK1’in de bu hücre hatlarında miR-638-5p’nin hedef genlerinden biri olduğu mRNA düzeyinde belirlenmiştir.