Akademik Veri Yönetim Sistemi
16. Ulusal Tıbbi Genetik Kongresi, Antalya, Türkiye, 4 - 08 Aralık 2024, ss.197, (Özet Bildiri)
Giriş: Kopya sayısı değişiklikleri (CNV), genetik materyalin kazanılması veya kaybı sonucu oluşan, hem doğal çeşitliliğimizin bir parçası olan hem de çeşitli konjenital defektler, nörogelişimsel bozukluklar ve diğer kompleks hastalıkların etiyolojisinde rol oynayan yapılardır. Ekzom dizileme (ES), Mendelyen hastalıkların temelinde yer alan küçük dizi varyantlarının (SNV) tespiti için yaygın olarak kullanılan bir yöntemdir. Bununla birlikte günümüzde gelişen biyoinformatik araçlar sayesinde ES, CNV'lerin de tespit edilmesine olana sağlamaktadır. Bu çalışmada 900 olguya ait ES verileri incelenerek saptanan CNV’lerin tanısal süreçteki katkılarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda Ekim 2022-Haziran 2024 tarihleri arasında Sophia DDM analiz programı aracılığıyla çalışılan klinik ve tüm ekzom dizileme (KED/TED) verileri incelendi. Okuma derinliği bilgisi kullanılarak saptanan CNV’lerin boyutları patojeniteleri, içerdikleri genler ile klinik anlamlılıkları değerlendirildi. Bulgular: ES çalışılan 900 olgunun 41’inde (%4.5) klinik olarak anlamlı olabilecek CNV tespit edildi. CNV tespit edilen 18 olguda (%44) sadece bir genin bir veya birkaç ekzonunun etkilendiği, 23 olguda (%56) ise birden fazla geni içeren değişimlerin bulunduğu gözlenmiştir. Olguların 27’inde (%65.8) delesyon, 13’ünde (%31.7) duplikasyon, birinde (%2.4) delesyon ve duplikasyon birlikteliği saptandı. Delesyonların yedisi (%25) homozigot, 19’u (%67.8) heterozigot ve ikisi (%7.1) hemizigot olarak saptandı. Ayrıca altı (%14.6) olguda otozomal resesif kalıtımı gösterilen genlerde heterozigot delesyonla birlikte birer SNV saptandı.Dört olguda sayısal kromozom anomalisi saptanırken, bir olguda ise mitokondriyal genomda 3.6 Kb boyutunda delesyon saptandı. Sonuç: Güvenilir bir CNV analizi, dizileme sürecindeki örneklerin eşdeğer koşullarda ve benzer kapsama derinliklerinde işlenmesine bağlıdır. Uygun kalitedeki ES verilerinden yüksek güvenilirlikle saptanan CNV’ler, SNV dışındaki sayısal ve yapısal (delesyon/duplikasyonlar) kromozom anomalilerini, ekzonik düzeyde meydana gelen çeşitli boyutlardaki değişimler ile yapısal mitokondriyal genom değişimlerini göstererek tanısal sürece katkı sağlar. Çalışmamızda incelenen altı olguda SNV-CNV arasındaki birliktelik, kalıtım modeliyle uyumlu bulunmuş olmasıyla genetik hastalıkların tanısında kullanılan ES analizlerinde hem SNV hem de CNV analizinin birlikte değerlendirilmesinin önemini ve maliyet etkinliğini vurgulamıştır.
Anahtar Kelimeler: Ekzom dizileme, Kopya sayısı değişimi, CNV