Bioinformatic analysis of differentially expressed circRNAs and miRNAs in AML


Suer İ., Kaya M., Erdoğan C.

The 13th International Scientific Research Congress, Ankara, Turkey, 11 - 12 March 2022, vol.1, no.1, pp.369-376

  • Publication Type: Conference Paper / Full Text
  • Volume: 1
  • City: Ankara
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.369-376
  • Istanbul University Affiliated: Yes

Abstract

Acute myeloid leukemia(AML) is the most common type of leukemia among acute leukemias and is known to be responsible for approximately 1% of cancer-related deaths in the world. Circular RNAs(circRNAs) act as microRNA(miRNA) sponges, thereby changing the amount of targeted miRNAs in the cell. Since the increase in the expression levels of circRNAs in the cell will lead to a decrease in the expression levels of the target miRNAs, the expression levels of the target genes of the related miRNAs will also be affected. Many diseases, especially cancer, can occur as a result of dysregulation in the expression of circRNAs, which play a role as critical regulatory molecules in cellular activities. In our study, 3 different AML datasets were obtained from the Gene Expression Omnibus(GEO) database; GSE94591, GSE116617 and GSE163386 were used to determine the circRNA expression profiles. In the analysis, circRNAs with a p-value of less than 0.05 and an absolute fold change of (log2FC)≥0.5, which were determined to have different expressions in AML tumor tissue compared to normal tissue, were selected using the limma R package(v.3.46.0). While 8 of the co-up-regulated circRNAs were determined in 1564 circRNAs, similarly, 9 of the co-down-regulated circRNAs were detected in 1749 circRNAs in 3 GEO datasets. Then, miRNAs with log2FC≥1 in the GSE51908 and GSE142699 datasets were determined. CSCDv2.0 database was used to determine which miRNAs and circRNAs interacted. According to the data obtained, it was thought that the relationships of hsa_circ_0002224 and hsa-miR-150-5p in AML should be investigated with further studies in vitro and in vivo.

Akut miyeloid lösemi(AML), akut lösemiler arasında en yaygın gözlenen lösemi türüdür ve dünyada kansere bağlı ölümlerin ortalama %1 kadarından sorumlu olduğu bilinmektedir. Dairesel RNA'lar(circRNA'lar), mikroRNA(miRNA) süngerleri(sponge) olarak işlev görerek bu sayede hedefledikleri miRNA'ların hücredeki miktarlarını değiştirebilmektedir. Hücrede circRNA'ların ifade seviyelerinin artması hedef miRNA'ların ifade seviyelerinin azalmasına yol açacağından, ilgili miRNA'ların hedef genlerinin ifade düzeyleri de etkileneceği için gen regülasyonunda dolaylı yoldan önemli role sahiptirler. Hücresel aktivitelerin kontrolünde kritik düzenleyici moleküller olarak rol oynayan circRNA'ların ifadesindeki disregülasyon sonucunda kanser başta olmak üzere pek çok hastalık oluşabilmektedir. Çalışmamızda circRNA ekspresyon profillerini belirlemeye yönelik GSE94591, GSE116617 ve GSE163386 olmak üzere 3 farklı AML veri seti Gene Expression Omnibus(GEO) veritabanından elde edilmiştir. Analizde limma R paketi(v.3.46.0) kullanılarak AML tümör dokusunda normal dokuya kıyasla farklı ekspresyon gösterdiği belirlenen, p değeri 0,05'ten düşük ve mutlak kat değişim değeri (log2FC)≥0,5 olan circRNA'lar seçilmiştir. 3 GEO veri setinde; up-regüle 1564 circRNA’dan 8 tanesinin ortak olduğu belirlenirken benzer şekilde down-regüle 1749 circRNA’dan ise 9 tanesinin ortak olduğu tespit edilmiştir. Ardından GSE51908 ve GSE142699 veri setlerindeki log2FC≥1 olan miRNA’lar belirlenmiştir. Tespit edilen circRNA’ların hangi miRNA’lar ile etkileşimde olduğunu in silico olarak tespit edebilmek için CSCDv2.0 veritabanı kullanılmıştır. Sonuç olarak hsa_circ_0002224 ile hsa-miR-150-5p’nin AML’deki ilişkilerinin in vitro ve in vivo’da ileri çalışmalarla araştırılması gerektiği düşünülmüştür.