Süleyman Demirel University Journal of Natural and Applied Sciences, vol.26, no.1, pp.1-12, 2022 (Peer-Reviewed Journal)
Bugüne kadar, biyosferde bulunan mikroorganizmaların çok azı kültürleme
metoduyla tespit ya da teşhis edilebilmiştir. Kültürlenmemiş ya da kültürlenemeyen
mikroorganizmalar ise, mikrobiyal çeşitliliğin büyük bir bölümünü
oluşturmaktadır. Metagenomik analiz, kültürleme yapılmaksızın, çevreden direkt
alınan örneklerin DNA izolasyonu sonrasında elde edilen mikroorganizmaların tür
tayininin yapılmasına, genetik çeşitliliğinin, popülasyon yapısının ve bu
mikroorganizmaların insan yaşantısını da etkileyen ekolojik rollerinin
anlaşılmasına olanak vermektedir. Metagenomik; ilaç, biyoyakıt, biyoteknoloji,
tarım, ekoloji gibi birçok farklı çalışma alanında yardımcı disiplin olarak önemli rol
oynamaktadır. Paleomikrobiyoloji çalışmalarında da son yıllarda sıkça kullanılmaya
başlanan metagenomik, insanlık tarihindeki mikrobiyal evrim araştırmalarına katkı
sunar ve bize geçmiş zamanların mikro ekosistemini anlama perspektifi verir. Bu
çalışmada, Balıkesir/Antandros Antik Kenti nekropolünden kültürleme
yapılmaksızın direkt alınan toprak örneklerindeki mikroorganizmaların DNA
izolasyonu yapıldı ve sonrasında 16S rRNA genlerinin V3-V4 bölgeleri PZR yöntemi
ile çoğaltıldı. Çoğaltılan bölgeler Illumina MiSeq sistemi ile dizilendi. Elde edilen
dizilerin metagenomik analizi QIIME 1.9.1 kullanılarak yapıldı ve mikrobiyal
çeşitlilik belirlendi.