Akademik Veri Yönetim Sistemi
49. Ulusal Hematoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 1 - 05 Kasım 2023
Konjenital diseritropoetik anemi (KDA) otozomal resesif kalıtılan nadir (>1/1.000.000) bir hemolitik anemi alt tipi olup inefektif eritropoez ve eritroblastlardaki morfolojik anomalilerle karakterizedir. KDA’lar morfolojik, klinik ve genetik özelliklerine göre dört ana tip altında sınıflandırılır. En yaygın görülen alt tip KDA II’dir ve bu hastaların %80’inde SEC23B gen varyasyonları tespit edilmiştir . KDA Tip I (OMIM:615631, ORPHA:98869) ikinci yaygın görülen alt tiptir ve hastaların %90’ında CDAN1 (Codanin 1) ve CDIN1 (=C15ORF41, Codanin interacting nuclease 1) genlerinde bi-allelik varyasyonlar bulunmaktadır. CDIN1 geni eritroid farklılaşmasında, DNA tamiri ve kromatin yapısının yeniden düzenlenmesinde görev almaktadır. KDA Tip I hastaları orta şiddette makrositik anemi ile seyreden sarılık, splenomegali ile karakterize olup olguların üçte birinde konjenital malformasyonlar (ekstremiteler, kalp, böbrek vb.) gözlenebilir. Esas komplikasyon organ hasarına neden olan demir yüküdür. Laboratuvar bulguları, eritrosit morfolojisi ve kemik iliği bulguları (bi-veya poli-nükleuslu eritroblastlar ve çekirdekler arası kromatin köprüleri) tanı koydurucudur. Hastaların kliniği değişken olup %10 kadar hastada semptom bulunmazken, yaklaşık %20’si transfüzyon bağımlıdır. Bu çalışmada, tüm ekzom dizileme ile tespit edilen CDIN1 birleşik heterozigotluğuna sahip ve çok nadir bir KDA Tip I olgusunun genotip-fenotip ilişkisi sunulmaktadır.
Kliniğimize 4 aylık iken solukluk ve sarılık şikayetiyle başvuran beş yaşındaki erkek hastanın geliş zamanında; Hb=7,5 gr/dL, MCV=78, lenfosit 6100/µl, nötrofil 1300/µl, trombosit 368100/µl, retikülosit %4,93, total bilirubin=2,29 ml/dl, ferritin=442 ug/L, pirüvat kinaz=503(n), G6PD=18,9(n) olarak saptanmıştır. Osmotik fragilite testi normal olan hastada splenektomi öyküsü bulunmamaktadır. Hasta 35 günlükken bir kez transfüzyon almıştır. Hemoglobin elektroforezinde HbA %85, HbA2 %2.4 ve HbF %12 olarak saptanmıştır. Hemolitik anemi ön tanısı ile incelenen hastanın periferik yaymasında belirgin anizositoz, poikilositoz, polikromazi ve gözyaşı hücreleri görülmüştir. Direct coombs testi negatif saptanan hastanın ailesinde akrabalık bağı bulunmamaktadır. Anneanne, babaanne ve dedede safra taşı öyküsü mevcuttur. Kemik iliği yaymasında eritroid seride hiperaktivite, normoblastlar arasında köprüleşme ve çok sayıda çift çekirdekli eritroblast görülmüştür (Şekil 1A). Hasta KDA şüphesi ile SEC23B gen mutasyonu açısından incelenmiş ve bu gende herhangi bir varyasyon saptanmamıştır.
Hastanın periferik kan materyalinden izole edilen DNA örneği içim tüm ekzom dizileme yapılmıştır, ham ekzom verisi, BWA ve SAMtools araçları kullanılarak hg38 referans genomuna hizalanmıştır. Filtreleme basamaklarında, yanlış anlamlı (missense), çerçeve kayması (frameshift) ve kırpılma (splice) varyasyonları ve minör allel frekansı (MAF) <0.005 olan varyasyonlar seçilmiştir. Populasyon verisi için 1000Genomes, ExAC, gnomAD veritabanları, varyasyonların olası patojenik etkisi ve evrimsel korunmuşluk düzeyini belirlemek için ise in silico tahmin araçları (Polyphen2, MutationTaster, SIFT, CADD, GERP, phyloP100) kullanılmıştır. Klinik değerlendirme için OMIM, ClinVar ve PubMed veritabanlarından yararlanılmıştır. Analiz sonucu belirlenen aday varyasyonların doğrulaması ve ailesel segregasyonu Sanger dizileme ile gerçekleştirilmiştir.
Yapılan tüm ekzom dizileme analizlerinde, KDA tip1b fenotipinden sorumlu olan CDIN1 geninde iki farklı heterozigot olası patojenik varyasyon saptanmıştır; yanlış anlamlı c.301C>T, p.(Arg101Trp) (rs201835784) ve novel çerçeve kayması c.741delG, p.(Pro248Qfs*3). Saptanan varyasyonların patojenite ve korunmuşluk tahminleri Tablo 1’de verilmektedir. Ailesel segregasyon analizlerinde p.(Pro248Qfs*3) varyasyonunun babadan kalıtıldığı ve indeks olguda diğer alelde yeni bir varyasyon p.(Arg101Trp) daha meydana geldiği görülmüş ve kalıtım şekli compound (birleşik) heterozigot olarak değerlendirilmiştir (Şekil 1B, C).
KDA gelişiminden embriyonik kök hücrelerden olgun eritrosit oluşması sürecinde meydana gelen moleküler bozukluklar sorumlu tutulmaktadır. Bu çalışmada öncelikle KDA şüphesi ile takip edilen ancak tanısı kesinleşmemiş hasta tüm ekzom dizileme ile KDA Tip I tanısı almıştır. Babadan kalıtılan p.(Pro248Qfs*3) varyasyonu daha önce bildirilmemiş yeni bir varyasyondur. Tüm ekzom dizileme analizlerinde birleşik heterozigotluk çok nadir ve atlanabilen bir durumdur. KDA Tip I tanı şüphesi olan ancak moleküler tanısı kesinleşmemiş olguların analizinde birleşik heterozigotluk akılda tutulmalıdır. Ailesel segregasyon analizleri tüm kalıtım modelinin doğrulanması ve de-novo varyasyonların ortaya çıkartılması bakımından önemlidir.
Bu proje İ.Ü. BAP birimi (Proje no: TSA-2020-35145) tarafından desteklenmiştir.