Akademik Veri Yönetim Sistemi
5.ULUSLARARASI PALANDÖKEN BİLİMSEL ÇALIŞMALAR KONGRESİ, Erzurum, Türkiye, 18 - 19 Mart 2023, ss.1166-1171
Hipoksi ile indüklenebilir faktör (HIF), hücrelerin oksijen seviyelerindeki değişiklikleri algılama ve bunlara uyum sağlama yeteneğinde etkili olan bir transkripsiyon faktörüdür. HIF1A geni 14q23.2 kromozom bölgesinde yer alır ve 15 ekzon ve 14 introndan oluşur. Anjiyogenez ve eritropoez gibi metabolik süreçlerin transkripsiyonel düzenleyicisidir ve immünolojik yanıtlar için gereklidir. Çalışmamızda çeşitli biyoinformatik veri tabanı araçları kullanılarak HIF'in işlevi, diğer genlerle ve hastalıklarla ilişkileri incelenmiştir. HIF1A geninin diğer genlerle ilişkisinin tespiti için GENEMANIA/GeneCard, hedef miRNA’ları göstermek icin miRDB, protein-protein etkileşiminin tespiti için STRING ve hastalıklarla ilişkisini göstermek için GWAS veri tabanları kullanılmıştır. Ayrıca UniProt veri tabanı kullanılarak eksprese edildiği organ ve dokular belirlenmiştir. Biyoinformatik analiz sonucunda HIF1A'nın 189 miRNA tarafından hedeflendiği gösterilmiş ve aralarında STAT3, MDM2, TP53, SMAD3, VHL gibi önemli genlerin de bulunduğu 10 gen ile yakın etkileşimde olduğu tespit edilmiştir. HIF1A geninin en etkin kullandığı yolun HIF-1 sinyal yolu olduğu belirlenmiş ve EPO, PLIN2, BNIP3 proteinleri ve ENO1 enzimi ile ko-ekspresyon ilişkisi olduğu gösterilmiştir. Ayrıca HIF1A’nın en sık böbrekte ve karaciğerin perivenöz bölgesinde eksprese edildiği belirlenmiştir. Ek olarak renal hücreli karsinom ve mesane kanseri gibi hastalıklarla da yakından ilişkisi olduğu gösterilmiştir. Biyoinformatik araçlar yardımıyla HIF1A’nın ilişkili olduğu yolaklar, diğer genler ve epigenetik faktörlerin belirlenmesi deneysel çalışmaların geniş kohortlarla ve geniş bir bakış açısıyla yürütülmesine olanak sağlayabilir ve böylece bu genin hastalık ve anomalileri nasıl etkilediğinin anlaşılmasına ve hedefe yönelik terapötik tedavi çalışmalarının hızlandırılmasına katkı sağlayabilir.