Akademik Veri Yönetim Sistemi
18. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi, Ankara, Türkiye, 26 - 29 Ekim 2023, ss.80-81
Glial Tümörlerde Hepatosit Nükleer Faktör-1Alfa Geni Somatik Varyasyonları ve
Sağkalım Üzerine Etkisi
Elif Nur Bozdağ1,2; Neslihan Abacı¹; Mustafa Aziz Hatipoğlu4,3; Sema Sırma Ekmekci¹
¹İstanbul Üniversitesi Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü, İstanbul, Türkiye
²İstanbul Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, İstanbul, Türkiye
³Bezmialem Vakıf Üniversitesi-Tıp Fakültesi, Beyin ve Sinir Cerrahisi Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
⁴Bezmiâlem Vakıf Üniversitesi, Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü, İstanbul, Türkiye
Amaç: Hepatosit nükleer faktör-1alfa (HNF1A) geni transkripsiyon faktörü olarak özellikle karaciğere
özgü genlerin anlatımı için önemlidir. Farklı kanser türlerinde HNF1A geni ekspresyonu ve
varyasyonları analiz edilmesine rağmen glial tümörlede ilişkisi net olarak ortaya konmamıştır.
Çalışmamızda düşük ve yüksek evreli glial tümörlü hastalarda HNF1A geni somatik varyasyonlarının
araştırılması ve sağkalım üzerine etkisinin incelenmesi amaçlanmaktadır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda solid tümörlerde sık mutasyona uğrayan HNF1A geninin 3 ve 4.
ekzonu yeni nesil dizileme ile analiz edilmiştir. Dört düşük evre ve 12 yüksek evreli glial tümörde
DNA izolasyonu sonrası kütüphane hazırlığı yapılarak yeni nesil dizileme yapıldı. Archer analiz
programı ile ortaya çıkan tek nükleotid polimorfizmi (SNP) ve delesyon-duplikasyon (Indel) sonuçları
MyCancer Genome, cBioportal, Clinvar ve COSMIC gibi kanser araştırma platformlarında analiz
edilerek, klinik önemi belirlendi. Kaplan Meier yöntemi hastaların sağkalım analizleri yapıldı.
Sonuç: Monogenik diyabet için patojenik olduğu bildirilmiş olan çerçeve kayması varyantı
NM_000545.8 (HNF1A):c.864del (p.Pro291fsTer51) (rs762703502) iki düşük evreli, üç yüksek evreli
gliomada saptandı. ExAC veri tabanında allel frekansı 0.00112 olarak bildirilen bu varyant glial
tümörlerde ilk defa bildirildi. Varyasyona sahip ve yabanıl tip hastaların arasındaki sağkalım analizi
sonucu anlamlı bulundu (lo-rank p=0.022).
Tartışma: HNF1A genindeki somatik varyasyonların çeşitli kanserlerle ilişkili daha önce bildirilmiş
olsa da glial tümörlü hastalarda daha önce monogenik diyabet için patojenik olduğu bildirilmiş olan
c.872del (p.Pro291fsTer51) varyantı bu çalışma ile ilk kez bildirilmiştir. Tümör dokusunda somatik
varyasyonları görülen bu varyant hastaların 16 hastanın beşinde (%31) saptandı. Hasta sayısı az
olmakla birlikte varyasyona sahip hastaların sağkalım oranı daha yüksek bulundu. Çalışmamız
HNF1A geni somatik varyasyonlarının glial tümörle önemli olduğunu ve sağkalımla ilişkili olduğunu
göstermekle birlikte daha fazla sayıda olgu ile yapılan çalışmalara ihtiyaç olduğunu göstermektedir.
Anahtar Kelimeler: Hepatosit nükleer faktör-1alfa, glial tümör, sağkalım analizi, yeni nesil dizileme.
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje
No: TDK-2021-38142