Akademik Veri Yönetim Sistemi
Experimed, cilt.11, sa.1, ss.12-20, 2021 (Hakemli Dergi)
Amaç: Kardiyovasküler hastalıklar ve kanser metastazında sıklıkla araştırılan matriks metalloproteinazlar (MMPs) ekstraselüler matriks düzenleyicileridir. Çalışmamız, aort diseksiyonu olan hastalarda MMP9 genindeki
spesifik polimorfizmleri incelemeyi ve MMP9'un aort diseksiyonu üzerindeki etkisini ekspresyon veri setleri ile karşılaştırmayı amaçlamaktadır.
Gereç ve Yöntem: Q279R ve P574R polimorfizmleri 44 aort diseksiyon
tanısı almış ve 40 sağlıklı bireyde polimeraz zincir reaksiyonu - restriksiyon parça uzunluğu polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemiyle çalışıldı.
Q279R ve P574R prevalansı istatistiksel olarak hastaların tıbbi verileriyle
karşılaştırıldı. Buna ek olarak, NCBI GEO veri tabanından aort diseksiyon
veri setleri toplandı ve MMP9 ifadesindeki farklılıkları görmek amacıyla
bu veri setleri GEO2R ve RStudio ile yeniden analiz edildi. Elde edilen
sonuçların informatik analizi için çevrimiçi veri tabanları kullanıldı.
Bulgular: CG alleli taşıyıcısı kadınların aort diseksiyonu geliştirme riski
erkeklerden daha yüksek bulunmasına rağmen her iki çalışma grubunda da allellerin genotipik dağılımı benzer bulunmuştur. MMP9'un protein-protein etkileşim analizinin ve hastaların tıbbi verilerinin incelenmesinin sonucu olarak, P574R hipertansiyonu olan hastalarda önemli
bir bulgu olarak değerlendirilmiştir. Array verisi analizinde ise MMP9 ifadesinde kritik bir değişim gözlemlenmemiş olup, birçok örnekte TIMP
ifade seviyelerinde azalma tespit edilmiştir. Ayrıca MMP9’u hedefleyen
miRNA ekspresyon seviyelerinin aort dokusu ve kanda düşük olduğu
saptanmıştır.
Sonuç: Q279R ve P574R, MMP9 protein yapısını doğrudan etkilemeyen
iki polimorfizmdir. İncelenen polimorfizmler ve gerçekleştirilen meta-analizler, MMP9'un fenotipi doğrudan etkilemediği, ancak istatistiksel
sonuçlarda görüldüğü gibi aort diseksiyonu gelişimi için zemin hazırladığını göstermektedir.
Anahtar Kelimeler: Aort diseksiyon, MMP9, Q279R, P574R, gen ifade
verisi
Objective: Matrix metalloproteinases (MMPs) are the extracellular ma-trix regulators that frequently investigate cardiovascular diseases and cancer metastasis. Our study aimed to examine specific polymorphisms in the MMP9 gene in our patients with aortic dissection and compare the effect of MMP9 on aortic dissection with expression datasets.
Materials and Methods: Q279R and P574R polymorphisms were analyzed in 44 aortic dissection patients and 40 healthy donors via polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism. (PCR-RFLP) methods. Q279R and P574R prevalence was statistically compared with the medical data of the patients. Additionally, we col-lected datasets of aortic dissection from NCBI GEO to reanalyze GEO2R and RStudio to see metalloproteinase activity on samples. Later, enrich-ment analysis was processed on widely used databases.
Results: Genotypic distribution of alleles was similar in the two study groups. In addition to this, female CG carriers had a higher risk of de-veloping aortic dissection than those of males. As the results of the protein-protein interaction analysis of MMP9 and patients’ clinical data, hypertension was found to be the significant outcome of P574R varia-tion in the patients. In array analysis, MMP9 expression did not change critically, but TIMPs had been downregulated in many samples. Also, MMP9 targeted miRNA expression levels were detected as low in aortic tissue and blood.
Conclusion: Q279R and P574R are two polymorphisms that do not di-rectly affect MMP9 protein structure. Consequently, studied polymor-phisms and performed meta-analysis show that MMP9 does not spark off the phenotype but sets the stage for aortic dissection development as seen in the statistical results. Furthermore, enrichment analysis on datasets shows MMP9 was not a primary reason for vascular remodeling