Genome-wide association study and meta-analysis find that over 40 loci affect risk of type 1 diabetes

Barrett, J.C.; Clayton, D.G.; Concannon, P.; Cooper, J.D.; Erlich, H.A.; Morahan, G.; Plagnol, V.; Pociot, F.; Schuilenburg, H.; Smyth, D.J.; Stevens, H.; Todd, J.A.; Walker, N.M.; Rich, S.S.; Baskerville, T.; Bautista, N.; Bhatia, E.; Bhatia, V.; Bin Hasan, K.; Bonnici, F.; Brodnicki, T.; Cameron, F.; Chaichanwatanakul, K.; Cheung, P.T.; Colman, P.; Cotterill, A.; Couper, J.; Cutfield, R.; Davis, T.; Dixon, P.; Donaghue, K.; Dowling, K.; Drury, P.; Dye, S.; Gellert, S.; Abdul Ghani, R.; Greer, R.; Han, X.; Harrison, L.; Homatopoulos, N.; Ji, L.; Jones, T.; Yin, L.K.; Kamaruddin, N.A.; Kanga, U.; Kanungo, A.; Kaur, G.; Kek, B.; Knowles, S.; Krebs, J.; Kumar, N.; Lee, Y.J.; Li, X.; Liktimaskul, S.; Lloyd, M.; Loth, A.; Louey, A.; Mehra, N.; Merriman, T.; Min, L.; Moses, R.; Mraz, G.; Murphy, R.; Nicholson, I.; Panelo, A.; Poh, P.; Price, G.; Ratnam, N.; Sanjeevi, C.; Sedimbi, S.; Shen, S.; Ying, G.S.; Tait, B.; Tandon, N.; Thomas, A.; Varney, M.; Weerakulwattana, P.; Willis, J.; Albret, L.; Ampudia-Blasco, F.; Argente, J.; Babadjanova, G.; Badenhoop, K.; Battelino, T.; Beilhack, G.; Bergholdt, R.; Bingley, P.; Boehm, B.; Bolidson, J.; Brorsson, C.; Carlson, J.; Castano, L.; Chandler, K.; Cinek, O.; Cipponeri, E.; Corripio, R.; Garcia Cuartero, B.; de Leiva, A.; Fagulha, A.; Fernandez Balcells, M.; Guja, C.; Gutierrez, P.; Hatziagelaki, E.; Heath, S.; Helmberg, W.; Hernandez, M.; Holzheu, I.; Hosszufalusi, N.; Ionescu-Tirgoviste, C.; Johannesen, J.; Julier, C.; Julier, C.; Kahles, H.; Knip, M.; Kockum, I.; Kojo, E.; Koprivarova, K.; Kordonouri, O.; Kretowski, A.; Krikovszky, D.; Kurkhaus, A.; Lalic, N.; Lavant, E.; Long, A.; Ludvigsson, J.; Madacsy, L.; Marga, M.; Mauricio, D.; Mazurkievicz, G.; Nerup, J.; Nerup, J.; Novoa Mogollon, F.J.; Petersen, M.T.; Phillip, M.; Pirags, V.; Pozzilli, P.; Rappner, R.; Roep, B.; Rokni, S.; Rosinger, S.; Rubio-Cabezas, O.; Ruckgaber, C.; SATMAN, İlhan; Schober, E.; Seufert, J.; Sing, R.; Skrha, J.; Sobngwi, E.; Somerville, M.; Spinas, G.; Tillmann, V.; Undlien, D.; Urbanavicius, V.; Van der Auwera, B.; Vasquez San Miguel, F.; Vazeo-Gerasimidi, A.; Velickiene, D.; Wagner, A.; Williams, A.; Wurzburger, M.; Ziegler, A.; Agleham, M.; Aldrich, A.; Alemzadeh, R.; Aly, T.; Arora, S.; Austin, A.; Becker, D.; Benoist, C.; Berka, N.; Bhatia, S.; Bonella, P.; Bottini, N.; Boyle, S.; Brady, B.; Brickman, W.; Christensen, R.; Concannon, P.; Couch, R.; Counts, D.; Crandall, J.; Daniels, M.; Dolan, L.; Donaldson, D.; Doria, A.; Eisenbarth, G.; El-Hajj, R.; Erlich, H.; Fain, P.; Fear, A.L.; Ferry, R.; Fiallo-Scharer, R.; Ghosh, S.; Gitelman, S.; Godwin, M.; Goland, R.; Goodman, N.; Goodwin, G.; Gravely, J.; Greenbaum, C.; Gudgeon, C.; Gunville, F.; Hagopian, W.; Hakonarson, H.; Hansen, J.; Harrington, K.; Hassing, J.; Hilliker, W.; Hoffman, R.; Hulbert, E.; Izquierdo, R.; Jospe, N.; Kaiserman, K.; Kaufman, F.; Kim, S.; Kloos, E.; Kosoy, R.; Lane, J.; Lane, J.; Lawrence, J.; Levetan, C.; Levin, P.; Lipton, R.; Lonsdale, J.; Magnuson, V.; Marks, J.; Mayer-Davis, B.; McEvoy, R.; McIndoe, R.; Merkle, L.; Metzger, D.; Miao, D.; Mickelson, E.; Moonsamy, P.; Moore, W.; Moran, A.; Noble, J.; Olsem, G.; Onengut-Gumuscu, S.; Orban, T.; Orlowski, C.; Paterson, A.; Pietropaolo, M.; Pihoker, C.; Polychronakos, C.; Post, J.; Postellon, D.; Pugliese, A.; Qu, H.; Quattrin, T.; Rappaport, M.; Raskin, P.; Risbeck, H.; Rodriguez, H.; Rodriguez, L.; Rogers, M.; Russell, B.; Schatz, D.; Scott, C.; She, J.X.; Shulman, D.; Soyka, L.; Speiser, P.; Starkman, H.; Steck, A.; Stender, S.; Stratton, L.; Sur, D.; Taback, S.; Thrailkill, K.; Toth, E.; Trymbiski, P.; Tsalikian, E.; Vertachnik, K.; Wahlen, J.; Wang, X.; Weber, S.; Wherrett, D.; Willi, S.; Wilson, D.; Youkey, J.; Young, N.; Yu, L.; Zimmerman, D.; Adlem, E.; Allen, J.; Brown, J.; Burren, O.; Clarke, P.; Clayton, D.; Coleman, G.; Cooper, J.; Cucca, Francesco; Duley, S.; Dunger, D.; Everett, V.; Hardy, M.; Harrison, D.; Harrison, I.; Hawkins, S.; Healy, B.; Hood, S.; Howell, S.; Maisuria, M.; Meadows, W.; Mistry, T.; Nutland, S.; Ovington, N.; Schuilenburg, H.; Simpson, A.; Smink, L.; Stevens, H.; Taylor, N.; Todd, J.; Tuomilehto, J.; Walker, N.; Widmer, B.; Wilson, M.; Withers, H.; Brown, M.; Chen, W.M.; Crews, A.; Griffin, J.; Hall, M.; Harnish, T.; Hepler, J.; Hilner, J.; King, N.; Lohman, K.; Lu, L.; Mychaleckyj, J.; Nail, J.; Perdue, L.; Pierce, J.; Reboussin, D.; Rushing, S.; Sale, M.; Sides, E.; Snively, B.; Teuschler, H.; Theil, G.; Williams, D.; Akolkar, B.; Akolkar, B.; McKeon, C.; Nierras, C.; Nierras, C.; Thomson, E.; Altshuler, D.; Au, K.; Bain, S.; Barcellos, L.; Barral, S.; Becker, T.; Briggs, F.; Bronson, P.; Daly, M.; de Bakker, P.; Deloukas, P.; Devlin, B.; Eike, M.C.; Field, L.; Gabriel, S.; Garge, N.; Gaudieri, S.; Goldstein, B.; Gorodezky, C.; Hamon, S.; He, C.; Howson, J.; Humphreys, K.; James, I.; Lathrop, M.; Lie, B.A.; Li, D.; Mack, S.; McGinnis, R.; McKinnon, E.; McLaren, W.; Nolan, D.; Olsson, M.; Ott, J.; Owerbach, D.; Patterson, C.; Podolsky, R.; Ramsay, P.; Rangantah, V.; Risch, N.; Ronningen, K.S.; Shao, X.; Single, R.; Steffes, M.; Thomson, G.; Valdes, A.M.; Vandiedonck, C.; Whittaker, P.; Zhang, Q.

doi:10.1038/ng.381

Genome-wide association study and meta-analysis find that over 40 loci affect risk of type 1 diabetes

Atıf İçin Kopyala

Barrett J., Clayton D., Concannon P., Cooper J., Erlich H., Morahan G., ...Daha Fazla

Nature Genetics, cilt.41, sa.6, ss.703-707, 2009 (SCI-Expanded)

Yayın Türü: Makale / Tam Makale
Cilt numarası: 41 Sayı: 6
Basım Tarihi: 2009
Doi Numarası: 10.1038/ng.381
Dergi Adı: Nature Genetics
Derginin Tarandığı İndeksler: Science Citation Index Expanded (SCI-EXPANDED), Scopus
Sayfa Sayıları: ss.703-707
İstanbul Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Type 1 diabetes (T1D) is a common autoimmune disorder that arises from the action of multiple genetic and environmental risk factors. We report the findings of a genome-wide association study of T1D, combined in a meta-analysis with two previously published studies. The total sample set included 7,514 cases and 9,045 reference samples. Forty-one distinct genomic locations provided evidence for association with T1D in the meta-analysis (P 10 6). After excluding previously reported associations, we further tested 27 regions in an independent set of 4,267 cases, 4,463 controls and 2,319 affected sib-pair (ASP) families. Of these, 18 regions were replicated (P 0.01; overall P 5 × 10 8) and 4 additional regions provided nominal evidence of replication (P 0.05). The many new candidate genes suggested by these results include IL10, IL19, IL20, GLIS3, CD69 and IL27.