Akademik Veri Yönetim Sistemi
43 Ulusal Hematoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 1 - 04 Kasım 2017, ss.13
Bir transkripsiyon fakto¨ru¨ olan Ikaros, lenfoid gelis¸imde o¨nemli rollere sahip- tir. Ikaros’un klinik o¨nemi ise c¸ocukluk c¸agˆı B-ALL hastalarının %15’inde go¨ru¨lmesi ve IKZF1 delesyonlarının artmıs¸ nu¨ks riski ve kısalmıs¸ sagˆ kalım ile ilis¸kilendirilmesinden ileri gelmektedir. Risk temelli tedavi yaklas¸ımlarının gelis¸tirilmesinde moleku¨ler belirtec¸lerden yararlanılarak tedavilerin daha etkin kullanılması, hastalık tekrarının o¨nlenmesi hedeflenmektedir. Bu dogˆ- rultuda c¸alıs¸mamızda, tanı ve nu¨ks B-ALL o¨rneklerinde IKZF1 geninin hem kopya sayısı degˆis¸imlerini hem de mutasyonlarını tarayarak olası prognostik rolu¨nu¨ incelemek istedik. C¸alıs¸ma, B-ALL tanısı almıs¸, BFM tedavi protokolu¨- ne uygun olarak takip edilen c¸ocukluk c¸agˆı 105 hasta ile gerc¸ekles¸tirilmis¸tir. 78 tanı ve 44 nu¨ks (17 hastanın tanı/nu¨ks es¸lenik) o¨rnegˆinden elde edilen DNA’lar, IKZF1 Δ2-7, Δ4-7 ve Δ4-8 delesyonları ac¸ısından yeni nesil dizile- me (NGS) yo¨ntemi ile dizilenmis¸ (454 GS Junio platform, Roche) ardından IKZF1 geninin tu¨m ekzonları MLPA yo¨ntemi ile taranmıs¸tır (Multiple ligation dependent probe amplification, SALSA kit, MRC Holland). NGS analizlerinde AVA ve GENOMIZE programları, MLPA sonuc¸ları ise Coffalyser v9.4 yazılımı kullanılarak analiz edilmis¸tir. IKZF1 delesyonları tanı B-ALL o¨rneklerinin %13’u¨nde, ilk nu¨ks o¨rneklerinin ise %19’unda tespit edilmis¸tir (Tablo 1). Dominant-negatif IKAROS varyantının ekspresyonuna yol ac¸an Δ4-7 tanı ve nu¨ks anında en sık go¨ru¨len delesyon olmus¸tur. P#15,16,17 kodlu hastalarda tanı anında IKZF1 kopya sayısı degˆis¸imi go¨zlenmezken, nu¨ks anında Δ4-7 delesyonu tespit edilmis¸tir. Bunun yanında P#3 kodlu hasta hem tanı hem de nu¨ks anında Δ4-7 delesyonu tas¸ımaktadır. Δ2-7 delesyonu tanı anında go¨zlenmezken iki nu¨ks o¨rnegˆinde tespit edilmis¸tir. P#12 kodlu hasta Δ2-7 ek olarak ikinci nu¨ksu¨nde Δ4-8 delesyonuda kazanmıs¸tır. Tespit edilen tu¨m delesyonlar hem NGS hem de MLPA yo¨ntemleri ile teyit edilmis¸tir. NGS sonuc¸larına ek olarak, Δ1-6, Δ2-8, Δ2-3, exon1 ve exon3 delesyonu bes¸ farklı hastada belirlenmis¸tir. Kopya sayısı degˆis¸imi belirlenen hic¸ bir hastada, taranan bo¨lgeler ac¸ısından nokta mutasyonu tespit edilmemis¸tir. IKZF1 delesyon varlıgˆının klinik parametreler ile olan ilis¸kisi ve yas¸am ana- lizleri incelendigˆinde istatistiksel olarak bir anlamlılık hesaplanmamıs¸tır.
Literatu¨rde pediatrik B-ALL hastalarında IKZF1 kayıpları %12-15 aralıgˆında rapor edilmektedir. Kohortumuzda, IKZF1 delesyonlarının sıklıgˆı literature parallel olarak %13 olarak belirlenmis¸tir. IKZF1 kayıplarının nu¨ks do¨ne- mi B-ALL o¨rneklerindeki sıklıgˆı konusunda sınırlı sayıda bilgi mevcuttur. C¸alıs¸mamızda, nu¨ks anında tanı hastalarına oranla IKZF1 delesyonlarının daha sık oldugˆunu tespit ettik. Tanı anında var olan IKZF1 delesyonlarını ic¸e- ren klonlar, nu¨ks do¨neminde de su¨reklilik go¨sterirken, tanı anında delesyon tas¸ımayan o¨rneklerin birinci ve ikinci nu¨kslerinde IKZF1 delesyonu ic¸eren yeni klonların gelis¸tigˆi go¨ru¨lmu¨s¸tu¨r. Bo¨ylece IKZF1 delesyonlarının tanı anında ortaya c¸ıkarak erken nu¨kste devamlılık go¨sterebilecegˆinin yanı sıra nu¨ks do¨neminde ikincil bir olay olarak ta kars¸ımıza c¸ıkabilecegˆini go¨stermis¸ olduk. IKZF1 delesyonları literatu¨rde artmıs¸ nu¨ks riski ve du¨s¸u¨k sagˆ kalım ile ilis¸kilendirilmis¸tir. Nu¨ks anında artmıs¸ IKZF1 delesyonlarının varlıgˆı, IKZF1’in tedavi direnci gelis¸tirilmesinde olası katkısını du¨s¸u¨ndu¨rmektedir. Ancak yaptıgˆımız yas¸am analizlerinde sagˆ kalım ve olaysız sagˆ kalım ac¸ısından delesyon tas¸ıyan ve tas¸ımayan hastalar arasında anlamlı farklılık tespit edilmemis¸tir. Bunun nedeni go¨rece c¸alıs¸ılan hasta sayısının azlıgˆından veya erken do¨nemde hastaların kemoterapi direnci dıs¸ındaki sebepler nedeni ile kaybedilmesinden kaynaklanabilir. Bu c¸alıs¸ma, TU¨BI·TAK (Proje no: 114S038) ve I·stanbul U¨niversitesi Bilimsel Aras¸tırmalar Proje Birimi (Proje no: 35624 ve 20520) tarafından desteklenmektedir. IKZF1 NGS plateleri IRONII c¸alıs¸ma konsorsiyumu tarafından dizayn edilmis¸tir.
Anahtar Kelimeler: B-ALL, IKZF1, Yeni Nesil Dizileme, MLPA