Akademik Veri Yönetim Sistemi
XVII. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi 28-31 Ekim 2021 Online, İstanbul, Türkiye, 28 - 31 Ekim 2021, cilt.52, sa.1, ss.45-46
Transkripsiyonel düzenleyici olarak rol oynayan yüksek MN1 gen ekspresyonunun in vivo fare modelinde myeloproliferatif hastalık (MPD) gelişimine, yüksek MN1 ekspresyonu birlikte CBFb-MYH11 varlığının ise akut miyeloid lösemi (AML) gelişimine neden olduğu gösterilmiştir. UCSC Genome Browser’da meningioma1 (MN1) bazal promoter bölgesini analiz ettiğimizde ENCODE projesi kapsamında Hela hücrelerinde ChIP dizileme ile CCAAT enhancer binding beta (CEBPB) transkripsiyon faktörüne ait bir peak saptanmıştır. Fakat CEBPB’nın bu bölgeye bağlandığı doğrulanmamış ve fonksiyonel önemi araştırılmamıştır. Bu çalışma ile CEBPB geninin MN1 ekspresyonu üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
Yüksek seviyede MN1 eksprese eden servikal hücre soyu olan HeLa ve AML hücre soyu olan NB4 kullanıldı. CEBPB bu hücrelerde siRNA ile baskılanarak, 24., 36., 48., 72. ve 96. saatlerde MN1 ekspresyonu üzerinde değişikliğe neden olup olmadığı kantitatif gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırıldı.
24, 36, 48. saatlerde HeLa hücrelerinde CEBPB’ nin baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde etkisi olmadığını göstermiştir. 72. ve 96. saatte ise MN1 ekspresyonun 1,5 kat arttığı gösterilmiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01). NB4 hücrelerinde ise 48. saatte etkisi olmadığı ve 72. saatte 1,4 ve 96. saatte 1,3 kat arttığı göstermiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01).
Bu sonuçlar CEBPB baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde geç ve düşük düzeyde etkisinin olduğunu göstermiştir. Elde ettiğimiz bu bulguların reporter deneyleri gibi daha ileri analizlerle doğrulanması gerekmektedir. Bu çalışma, CEBPB’nin indirekt olarak veya koregulator olabilecek başka faktörlerle kompleks oluşturup, MN1 transkripsiyonunu düzenleyebileceğini düşündürmektedir.
The high meningioma1 (MN1) gene expression plays a transcriptional regulatory role, which causes the development of myeloproliferative disease (MPD) in vivo mouse model. The presence of CBFb-MYH11 with high MN1 expression is one reason for developing acute myeloid leukemia (AML). When we analyzed the MN1 basal promoter region in the UCSC Genome Browser, a peak of the CCAAT enhancer-binding beta (CEBPB) transcription factor was detected by ChIP-sequencing according to the result of ENCODE project. However, the functional significance of CEBPB binding to this region has not been investigated. This study aims to examine the effect of CEBPB on MN1.
The cervical cancer cell line HeLa and the AML cell line NB4 expressing high levels of MN1 were used. CEBPB expression was knockdown by siRNA in these cells. We were investigated MN1 expression levels in CEBPB knockdown cells by real-time quantitative PCR method at 24., 36., 48., 72. and 96 hours.
It was determined that CEBPB knockdown did not affect MN1 expression until the 72nd hour in HeLa cells. However, the knockdown of CEBPB caused 1.5 fold increase in MN1 expression at 72nd and 96th hours. The same pattern was shown in NB4 cells; MN1 expression increased 1.4 times at 72 hours and 1.3 times at 96 hours(Spearman correlation test, p<0.01).
The knockdown of CEBPB has a late and low-level effect on MN1 expression. Our study suggests that CEBPB indirectly regulates MN1 expression or interacting with co-regulatory factors. These findings need to be confirmed by further analysis as reporter assays.