Alzheimer Hastalığı ve Bazal Hücreli Karsinom İle İlişkili Ortak Genlerin Araştırılmasında Biyoinformatik Analizler


Güven Z. G.

10. Ulusal Alzheimer Sanal Kongresi, 5 - 08 November 2020, pp.20

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • Page Numbers: pp.20
  • Istanbul University Affiliated: Yes

Abstract

Amaç: Nörolojik hastalıkların görülme sıklığı ile kanser gelişimi arasında ters bir ilişki olduğu ve Alzheimer hastalarının (AH) kansere yakalanma olasılığının daha düşük olduğu ileri sürülmektedir. Bu ters ilişkinin varlığı özellikle melanom dışı deri kanseri ve AH arasında ortaya konmuştur. Mevcut çalışmada, AH ve bir melanom dışı deri kanseri olan bazal hücreli karsinom (BHK) ile ilis ̧kili gen anlatım verilerini biyoinformatik araçlarla analiz ederek anlatım düzeyi anlamlı ölçüde değişmiş ortak genlerin ve moleküler yolakların belirlenmesi amaçlandı.

Gereç ve Yöntem: AH beyin dokusu veri seti (GSE1297) ile BHK veri seti (GSE7553) gen ifade veritabanınından (GEO) indirilerek karşılaştırıldı. Veriler R’nin affy paketi kullanılarak normalize edildi ve limma paketi kullanılarak her bir gruptaki gen anlatım düzeyleri kıyaslandı. Kars ̧ılas ̧tırmaların istatistiksel degˆerlendirilmesinde p<0,01 olan sonuc ̧lar anlamlı kabul edildi. İki hastalık arasında farklılık gösteren genlerin birbiriyle etkileşimleri STRING veritabanı kullanılarak analiz edildi.

Bulgular: Biyoinformatik analizler sonucunda AH’de 421, BHK’da 6708 genin anlatımında farklılık olduğu ve bu genlerden 94’nün her iki hastalıkta da ortak olduğu belirlendi. Ortak genlerden 53’ünün anlatımlarının zıt yönde olduğu, 41’nin ise aynı yönde olduğu görüldü. Her iki hastalıkta da farklı anlatım gösteren ortak genlerden üçünde (COL5A2, LDB2, SRD5A2) anlatım farklılığın en fazla olduğu belirlendi. Ortak genlerin belli bir yolakta kümelenmediği ancak hücresel süreçlerde etkin oldugˆu gözlemlendi.

Sonuç: Sonuçlar, her iki hastalıkta farklı anlatım gösteren ortak genlerin varlığını ortaya koymuştur. Ancak c ̧alıs ̧manın bulgularının ileri deneysel aras ̧tırmalarla doğrulanması gerekmektedir.page20image22485952  page20image22488448  page20image22493440 page20image22490176 page20image22490752 page20image22489792 page20image22492096 page20image22488256page20image22486144 page20image22487680 page20image22480384 page20image22489216 page20image22494016 page20image22486912 page20image22486720 page20image22494784 page20image22493248 page20image22479232 page20image22493824page20image12356672 page20image22535488 page20image22535104 page20image22540288 page20image22541824 page20image12355440 page20image22464768 page20image22463040 page20image22149760 page20image22138816 page20image22298816page20image22402496 page20image22403456 page20image22400192 page20image22405760