Akademik Veri Yönetim Sistemi
59. Ulusal Nöroloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 13 - 18 Aralık 2023, ss.25
Amaç: Epileptik ensefalopatiler (EE) erken çocukluk döneminde başlayabilen, tekrarlayan epileptik nöbetlerin yanı sıra ciddi bilişsel ve nörolojik gerileme ile karakterize, nadir nörogelişimsel hastalıklardır.Tüm nörogelişimsel hastalıklarda olduğu gibi EE’lerde de heterojen genetik altyapının yapının aydınlatılabilmesi için genetik yaklaşımın genomdaki tüm protein kodlayan bölgelere odaklanan ekzom dizileme olması önerilmiştir. Buradan hareketle,West Sendromu,Lennox-Gastaut Sendromu gibi özel EE sendromları kriterlerini klinik ve elektrofizyolojik olarak karşılamayan,sınıflandırılamayan epileptik ensefalopatili hastaların tüm ekzom dizileme (whole exome sequencing,WES) yöntemi ile genetik tanılarının belirlenmesi ve ilgili genlerin klinik özelliklerinin tanımlanması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda 2006-2023 yılları arasında İstanbul Üniversitesi,Nöroloji Anabilim Dalında takip edilen,klinik olarak EE sınıflandırılması dışında kalan,biyokimyasal,metabolik ve görüntüleme bulguları normal olan 9 bağımsız aileden 10 EE’li hasta dahil edilmiş ve mümkün olan ailelerde trio WES çalışması yapılmıştır.Hasta ve aile bireylerinden DNA izolasyonu sonrası, uygun kalitedeki örnekler WES analizine tabi tutulmuştur.Ham veri laboratuvarımızda hizalama, varyant çağırma ve filtreleme gibi analizlerden geçirilmiştir.Trio WES verisinden özellikle ebeveynlerde bulunmayan de novo, ebeveynlerin taşıyıcı olduğu homozigot ve her iki ebeveynden aynı gende fakat farklı varyasyonların kalıtıldığı birleşik heterozigotluk gibi önceliklendirilmiştir.
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen hastaların yaş ortalaması 11,8±4,3’tü.Hastaların ortalama takip süresi 8±3 yıldı.Hastaların genetik analizlerinin sonucunda KCNQ2 ve CACNA1E genlerinde de novo,CACNA1G geninde ise birleşik heterozigot varyasyonlar Ve bunun dışında pek çok aday varyason tespit edilmiştir.
Sonuç: Epileptik ensefalopatilerde genetik tanı konulabilenlerin oranı %20’yi geçmemektedir.WES tanı verimi tek vaka çalışmalarında %28’lerde iken bu oran trio WES çalışmalarında %40’a kadar çıkmaktadır.Çalışmamız EE’lerde de novo mutasyonların ve aday genlerin tanımlanması,herhangi bir EE sınıfına girmeyen hastalarda yeni sendromların tanımlanabilmesi,KCNQ2 gibi bilinen genlerin ise yeni klinik özelliklerin belirlenmesi yönüyle farklılık göstermektedir.WES verisinin yeniden farklı platformlarda analiz edilmesi ve kopya sayısı değişikliklerinin tespit edilmesi WES tanı oranını artırma potansiyeli olacağı için analizlerin farklı yöntemlerle devam etmesi yönüyle devam eden çalışmalar yenilikleri ortaya koyacaktır.