Baş boyun kanserli hastaların (HNC) mikrobiyota profil analizi ve klinik parametrelerle ilişkisi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Onkoloji Enstitüsü Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: İREMSU BAKIR

Danışman: Semra Demokan

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Mikroorganizmaların hastalıkları ve tedavilere yanıtı modüle ettiği bilinmektedir. Gut mikrobiyotasından sonra en yüksek bakteri çeşitliliği oral mikrobiyotaya aittir. Burada bulunan türler HNC ile ilişkili olabilir. Bu ilişkiyi daha net anlayabilmek açısından çalışmamızda sağlıklı bireyler, HNC tanısı almış ancak tedavisine başlanılmamış bireyler ve bu bireylerin tedavi sonrası tükürük örnekleri toplandı. Çalışmada 10 adet sağlıklı ve 10 adet HNC hastası birey gönüllü oldu. Numunelerden mikrobiyal DNA izolasyonu sonrası Oxford Nanopore Teknolojisi kullanılarak (ONT) 16S rRNA amplikon sekanslama yapılmıştır. Elde edilen veriler biyoinformatik olarak analiz edilerek sağlıklı ve hasta bireylerin klinik parametreleriyle değerlendirilmiştir. İstatistiksel veriler için Wilcoxon Singed Rank Test ve Kruskal Wallis hipotez testleri kullanıldı. Alfa çeşitlilik için Shannon, Inverse Simpson indeksleri kullanıldı ve beta çeşitlilik için Bray-Curtis Dissimilarity, Jaccard Distance kullanıldı. Çalışmamızda 2479 bakteri türü tespit edilmiştir. Tedavi öncesi ve tedavi sonrası bireylerin mikrobiyota kompozisyonunda değişimler mevcuttur. Bacillota sağlıklı, tedavi öncesi ve tedavi sonrası bireylerde mikrobiyotada en bol bulunan filumdur. Ayrıca filum düzeyinde gözlemlenen alfa çeşitlilik istatistiksel olarak anlamlı olup (p 0.05).