BMAL1'İN PAS-B ALANI ve C-UCU OSİLASYON REGÜLATÖR BÖLGELERİNDE YER ALAN PATOJENİK SNP'LERİNİN BMAL1 FONKSİYONUNA ETKİLERİNİN İNCELENMESİ
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fen Fakültesi Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SELAHATTİN AYDOĞAN
Danışman: Mahmut Çalışkan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Sirkadiyen saatler, başta uyku-uyanıklık döngüsü olmak üzere hormon salınımı, metabolizma, vücut ısısı, mevsimsel üreme gibi birçok fizyolojik süreci düzenleyen, yaklaşık 24 saatlik ritme sahip içsel zamanlayıcılardır. Memelilerde sirkadiyen saat, CLOCK ve BMAL1 transkripsiyon faktörlerinin Per ve Cry genlerini aktive ettiği, bu gen ürünlerinin birikerek kendi transkripsiyonlarını baskıladığı transkripsiyon-translasyon geri besleme döngüsü (TTFL) ile işler. BMAL1, bu sistemin merkezinde yer almakta olup yokluğunda sirkadiyen ritim tamamen bozulur. BMAL1 üzerindeki tek nükleotid polimorfizmlerine (SNP) dair literatürde sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır; bu da genin mutasyonlara karşı duyarlılığını ve işlevsel önemini ortaya koymaktadır. Bu tezde, BMAL1 proteininde PAS-B ve C-ucu bölgelerinde yer alan potansiyel patojenik SNP'lerin sirkadiyen saat mekanizmasına etkileri in vitro yöntemlerle araştırılmıştır. Gül (2022) tarafından in siliko analizlerle belirlenen beş SNP (Ala357Thr, Val440Gly, Glu501Lys, Ser511Leu, Ser513Leu), polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tabanlı yönlendirilmiş mutagenez yöntemiyle BMAL1 cDNA'sı taşıyan pcDNA4 plazmidine aktarılmıştır. BMAL1:CLOCK transaktivasyon kapasitesi ve CRY1 varlığında transaktivasyonun baskılanma durumu, lüsiferaz raportör sistemi ile değerlendirilmiştir. Glu501Lys ve Ser513Leu mutasyonlarının transaktivasyonu anlamlı şekilde azalttığı, ancak baskılama etkisinin yalnızca Glu501Lys varyantında azaldığı belirlenmiştir. Transaktivasyon etkisi gösteren iki varyant için BMAL1:CLOCK etkileşimi kompleks immünopresipitasyon (Co-IP) ile incelenmiş, etkileşim düzeyinde anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. Devamında yapılan protein stabilite analizinde Glu501Lys mutantının yabanıl tipe (WT, wild-type) göre daha stabil olduğu, proteolitik degradasyona daha az uğradığı tespit edilmiştir. Hücre içi lokalizasyon analizinde ise Glu501Lys mutantının nükleer fraksiyonda yabanıl tipe göre daha düşük seviyede bulunduğu belirlenmiştir. Bu çalışma, BMAL1 üzerindeki belirli SNP'lerin sirkadiyen saat mekanizmasındaki fonksiyonel etkilerini ortaya koymakta; özellikle Glu501Lys mutasyonunun transkripsiyonel aktivite, protein stabilitesi ve hücre içi lokalizasyon üzerindeki etkileriyle dikkat çekmektedir. Elde edilen bulgular, sirkadiyen ritmin genetik düzeyde düzenlenmesine dair yeni bilgiler sunmakta ve gelecekteki araştırmalara temel teşkil etmektedir.