BAZI DİPEPTİTLERİN KONFORMASYON ANALİZİ ve DFT YÖNTEMİ ile TİTREŞİM FREKANS ve KİPLERİNİN İNCELENMESİ
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fen Fakültesi Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2011
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SEFA ÇELİK
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Ayşen ÖZEL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Cyclo(Gly-Val), Cyclo(Gly-Leu) ve Cyclo(His-Phe) dipeptitleri kolon, rahim ve göğüs kanser hücrelerinin büyümesini engellemektedir. Biyolojik aktivite gösteren Cyclo(Gly-Val), Cyclo(Gly-Leu) ve Cyclo(His-Phe) dipeptidlerinin mümkün farklı konformasyonlarının serbest halde moleküler yapıları, farklı konformasyon durumlarına bağlı olarak molekülün toplam enerjisi ve bulunan toplam enerjiye van der Waals, elektrostatik, torsiyonal etkileşmelerin katkıları ve yan-ana zincirler arasındaki etkileşme enerjileri, Ramachandran haritası kullanılarak, Prof.Dr.Niftali Godjayev tarafından yazılan ?Fortran? paket programı ile hesaplanmıştır.Fortran programı ile belirlenen konformasyon durumlarından en kararlı duruma karşılık gelen konformasyon durumu Gaussian03 programına tanıtıldıktan sonra bu en düşük enerjili konformer, ab-initio hesaplamalarından DFT (Density Functional Theory) yöntemi, B3LYP fonksiyonu , 6-31++G(d,p) baz seti ile optimize edilip titreşim dalga sayıları elde edilmiştir. İncelenen dipeptitlerin bulunan en düşük enerjili konformerleri için gerçekleştirilen hesaplamalar aynı konformerlerin herbir olası, kararlı dimer formları içinde tekrar edilmiştir. Bu uzun zaman alan ek hesaplamalar yoluyla, incelenen dipeptitlerin belirlenen en kararlı dimer yapılarının karşılık gelen geometrik parametreleri ve titreşimsel dalga sayıları belirlenmiştir. Ayrıca döterasyona bağlı olarak incelenen dipeptitlerin dalga sayılarında beklenen kaymalar monomerik formlar için yapılan ek titreşimsel frekans hesaplamalarıyla belirlenmiştir. Toplam enerjinin titreşim kiplerine dağılımı (TED), PQS (Parallel Quantum Solutions) ve SQM (Scaled Quantum Mechanics) programlarıyla hesaplamalar yapılarak her bir titreşim dalga sayısına karşılık gelen titreşim modlar belirlenmiştir.Çalışmanın deneysel kısmında, Jasco 300E FT-IR spektrometre (2cm-1 çözünürlükte) ve NRS 3100 micro Raman spektrometre kullanılarak moleküllerin spektrumları çekilmiştir. Elde edilen hesaplama sonuçları ve deneysel sonuçlar karşılaştırmalı olarak tablolar halinde verilmiştir.