Gıda kaynaklı Salmonella serovarlarının prevalansı ve direnç ve patojenite ilişkili genomik adaların moleküler karakterizasyonu
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fen Fakültesi Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Tuğba AYDIN
Danışman: Elif Bozçal Dağdeviren
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Gıda kaynaklı hastalıklar, gıda endüstrisi ve halk sağlığı açısından en önemli sorunlardan biridir. Salmonella insanlarda gıda kaynaklı hastalıklara yol açabilen en yaygın etiyolojik ajanlardan biri olarak görülmektedir. Gıda kaynaklı Salmonella aracılı gelişen salmonellozisin başlıca kaynaklarını hayvansal gıda ürünleri oluşturabilmektedir. Hayvansal gıda olarak tüketilen tavuk eti, Salmonella'nın insanlarda çoklu ilaç direnci ve yüksek patojenite profiline sahip Salmonella serovarlarının prevelansının artış göstermesine yol açabilmektedir. Gerçekleştirilen projede; perakende çiğ tavuk etlerinde Salmonella serovarlarının izolasyonu, fenotipik ve genotipik olarak tanılanması, antimikrobiyal duyarlılıklarının ve serotiplerinin belirlenmesi, antibiyotik direnç profiline sahip olan Salmonella serovarlarının tüm genom dizileme analizlerinin gerçekleştirilerek patojenite ve antimikrobiyal direnç ilişkili genomik adaların araştırılması hedeflenmiştir. Bu kapsamda, Nisan-Ağustos 2024 tarih aralıklarında İstanbul İl'inin farklı ilçelerinde market ve kasaplarda perakende 385 adet çiğ tavuk eti örneklemesi gerçekleştirilmiştir. Salmonella izolatları mikrobiyolojik kültürel, biyokimyasal ve serolojik analizler ile fenotipik olarak; invA, spvC ve 16S rRNA genlerinin PZR amplifikasyonu ile moleküler olarak tanılanmıştır. Kirby-Bauer disk difüzyon ve mikrodilüsyon analizleri ile antimikrobiyal duyarlılık testleri gerçekleştirilmiş, somatik O, H ve Vi antijenik reaksiyonunu temel alan lam aglütinasyonu testi aracılığı ile izolatların serotipleri belirlenebilmiştir. 385 adet tavuk eti örneğinde 27 adet S. enterica suşu fenotipik ve genotipik analizler ile tanılanmıştır ve prevalansı %7,00 olarak belirlenmiştir. Fenotipik olarak antimikrobiyal dirençli olarak belirlenen 10 adet S. enterica serovarının tüm genom dizileme analizi gerçekleştirilmiştir. Çiğ tavuk etlerinde tanıladığımız suşların serotiplendirme analizi sonucunda; S. Typhimurium [4:i:1,2] (n=2), S.Enteritidis [9:g,m:-] (n=2) ve S.Gallinarum [9:-:- (n=1)] olarak belirlenmiştir. Ancak, 22 adet S. enterica suşunun serotipi Le Minor Kauffman-White şemasına göre herhangi bir serovara atanamamıştır. Çalışmamızda en yüksek direnç oranı sırasıyla tetrasiklin (%81,48), amikasin (%77,78), gentamisin (%55,56), tobramisin (%44, 44), azitromisin (%44, 44), seftazidim (%44,44) ve Trimetoprim/sulfametaksazol (%40,74) olarak belirlenmiştir. Tanılanan suşların %74,07'si çoklu ilaca dirençli olarak rapor edilmiştir. Fenotipik olarak antimikrobiyal dirençli olduğu belirlenen ve tüm genom dizileme analizleri gerçekleştirilen 10 adet S. enterica serovarının antibiyotik direnç genlerinin amikasin, kanamisin, streptomisin, sulfametoksazol, tekrasiklin ve doksisiklin antibiyotiklerinde dirence neden olan (aac(6')-Iaa, aph(6)-Id, aph(3'') Ib,sul1, sul2, tetA, ve dfrA14, aph(3')-Ia) olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, 10 adet S. enterica serovarının farklı fonksiyon kategorilerinde sınıflandırılan SPA-1, SPA-2, SPA-3, SPA-4, SPA-5, SPA-9, SPA-13, SPA-14, CS54 ve C63P1 adaları belirlenmiştir. S. enterica suşlarında SPA'ların Salmonella'nın kolonizasyonu için gerekli olan metabolik fonksiyonları, suşların patojenite yeteneğini arttırabilen intestinal kolonizasyonu ve persistansı, Tip III (T3SS), Tip I sekresyon sistemi (T1SS), invazyon ve monositlerde hayatta kalması için gerekli olan gen kasetlerini içerdiği belirlenmiştir. Sıklıkla gıda olarak tüketilen tavuk etlerinin antimikrobiyal dirençli farklı S. enterica serovarları için önemli bir rezervuar kaynağı olduğu, serovarlar arasında saptanan patojenite adalarının Salmonella patogenezi ve salmonellozis açısından büyük risk oluşturabileceği sonucuna varılmıştır.