Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: KADİR BOZTAŞ
Danışman: Işıl Tulum
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:
Bitki patojeni olan fitoplazmalar, Mollicutes sınıfına ait hücre duvarsız, Gram-pozitif bakterilerce temsil edilir ve dünya genelinde 600 den fazla bitki türünde hastalık yaparak ciddi ekonomik kayıplara sebep olmaktadır. Öte yandan, nergis (Narcissus tazetta L.) bitkisinde fitoplazma varlığına ait literatür oldukça sınırlıdır. Bu nedenle, 2019 kışı Mersin ilinde gerçekleştirilen arazi çalışması sonucu tipik fillodi, steril çiçek ve bodurluk belirtileri gösteren nergis bitkileri toplanarak, bu semptomların nedenini belirlemek ve fitoplazma varlığını tespit etmek amacıyla 16S rRNA genleri üzerinden moleküler analizler yapılmıştır. Kısaca; semptomatik bitki örnekleri toplanmış, DNA ekstraksiyonu yapılmış ve ekstrakte edilen DNA, evrensel primerler P1/P7 ve akabinde R16F2n/R16R2 kullanılarak yuvalanmış polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak amplifiye edilmiştir. Asemptomatik numunelerde herhangi bir amplifikasyon gözlenmezken, semptomatik numunelerde 1,2 kb'lik amplikonlar (16S rRNA geni) elde edilmiştir. Yoğun bir şekilde fillodi semptomları görülen dokuz örnekten alınan 16S rRNA gen amplikonları dizilenmiştir. Nergis fillodi izolat dizilerinin 16S rRNA'larının nükleotid BLAST analizleri, kendi aralarında %99,9 ve 'Candidatus Phytoplasma mali' ile %99,91 özdeşlik ortaya çıkarmıştır. 16S rRNA gen temelli filogenetik ağacın daha ileri analizleri, bilgisayarla simüle edilmiş kısıtlama fragmanı uzunluk polimorfizmi (sanal RFLP) ve RsaI ve SspI enzimleri kullanılarak 16S rRNA geninin geleneksel RFLP analizleri sonucu, fitoplazmanın 16Sr grup X ve alt grup A'ya atanması yapılmıştır. Enfekte nergis bitkilerinin elektron mikroskobu ile incelemesi sonucu, floem dokularının kalburlu borularında pleomorfik fitoplazma birimlerinin varlığı tespit edilmiş ve enfeksiyona bağlı floem dokusundaki değişimler incelenmiştir. Sonuç olarak, 16SrX-A alt grup fitoplazmalar odunsu bitkilerde sıklıkla rapor edilmesine rağmen, bilindiği kadarıyla bu çalışma, nergis bitkisinin 'Candidatus Pyhtolasma mali' (16SrX-A) tarafından enfekte edildiğini gösteren dünya çapındaki ilk rapordur.