Topluluk öğrenmesi yöntemi ile mikrodizi veri analizi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Enformatik Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: TCHARE ADNAANE BAWA
Danışman: Çiğdem Erol
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Topluluk öğrenme yöntemi, tek bir algoritmadan elde edilenden daha iyi bir sınıflandırma veya tahmin sonucuna sahip olmak için birçok makine öğrenimi algoritmasını birleştirmekten oluşan bir makine öğrenimi tekniğidir. Son zamanlarda, topluluk öğrenme, çoğunlukla örüntü tanıma, öznitelik seçimi ve sınıflandırma gibi farklı amaçlar için birçok alanda kullanılan yoğun ve yaygın bir makine öğrenimi tekniği olarak görülmektedir. Torbalama (Bagging), Yükseltme (Boosting), Rasgele Orman (Random Forest), İstifleme (Stacking) en popüler ve yaygın olarak kullanılan topluluk öğrenme yöntemleridir. Topluluk öğrenmesinin avantajlarından biri, yüksek boyutlu ve karmaşık veri yapılarıyla başa çıkma yeteneğidir, yani topluluk öğrenmesi, veri kümelerinin varyansını azaltmaya yardımcı olur ve daha doğru sonuçlar sağlar. Mikrodizi analizi, hastalıkların erken tespiti ve sınıflandırılmasına, hastalıklarla ilgili genlerin veya biyobelirteçlerin bulunmasına ve ilaçların bulunmasına yardımcı olabilecek sonuçlar sağlamayı amaçlayan bir biyoenformatik yöntemdir. Bu nedenle, mikrodizi analizi ile elde edilen verinin çok dikkatli bir şekilde analiz edilmesi gerekmektedir. Mikrodizi veri analizinde, hastalık durumlarını tahmin etmek, hastalıkla ilgili genleri bulmak ve ayrıca örüntü tanımak amacıyla makine öğrenmesi algoritmaları kullanılmaktadır. Ancak, bu algoritmaların karşılaştığı yaygın büyük sorunlardan biri, küçük örnek boyutu ve mikrodizi veri setlerinin yüksek boyutluluğudur, çoğunlukla modellerin aşırı uyum göstermesine yol açan yüksek bir varyansın varlığı ile karakterize edilir ve bahsedilen yüksek varyans sorunu, birçok çalışmada vurgulanmıştır. Bu tezin amacı, topluluk öğrenme yöntemlerini kullanarak mikrodizi verisetlerindeki varyansı azaltmaya çalışmaktır. Bu amaçla NCBI GEO veri tabanında yer alan GSE19804 kodlu küçük hücreli olmayan akciğer kanseri veri seti kullanılmıştır. Bu çalışma çerçevesinde iki tür makine öğrenmesi modeli uygulanmıştır; biri istifleme topluluk öğrenmesine ve diğeri bir algoritmaya dayalıdır. Analizin başında seçilen 12 algoritmadan 7'si yani Radyal Destek Vektör Makinesi, Doğrusal Ayırıcı Analizi, k-En Yakın Komşular, C5.0, CART, Öznitelik Çıkarımlı Sinir Ağları, Genelleştirilmiş Doğrusal Model algoritmaları analizde kullanılmıştır. Sonuç olarak, analizlerimiz istifleme topluluk öğrenme modellerinin basit modellere kıyasla daha düşük varyansa sahip olduğunu göstermiştir.