Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Demirhan Çetereisi
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Emine Şeküre Nazlı Arda
Eş Danışman: Aslı Gelincik
Özet:
Solunumla alınan polen tanecikleri alerjik hastalıkların en sık rastlanan nedenlerinden biridir. Polenlerin yapıları, havadaki miktarları ve duyarlılaştırma kapasiteleri coğrafî bölgeye, iklime ve sıcaklığa bağlı olarak değişir. Bu nedenle hastanın yaşadığı bölgedeki polenlerin kimyasal bileşenlerinin ve alerjenik özelliklerinin bilinmesi, tanı ve tedavi bakımından önem taşımaktadır.
Bu tez projesinde İstanbul'da yaygın olarak bulunan ak dut (Morus alba L.) ve mavi atlas sediri [Cedrus atlantica (Endl.) Carr. cv. 'Glauca'] polenlerinin alerjenik proteinleri araştırıldı.
Polen örnekleri disseminasyon dönemlerinde toplandı ve polen proteinleri ekstre edildi. Bu ekstreler daha önceden çeşitli ağaç polenlerine alerjik olduğu saptanmış hastalara (deney grubu) ve sağlıklı bireylere (kontrol grubu) deri prik ve nazal provokasyon testleri ile uygulandı. Hastalar semptom skorlarına ve anterior rinomanometri ile ölçülen hava akım oranlarına göre değerlendirildi.
Polen proteinleri bir boyutlu (1D-) sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile ayrıştırıldı ve farklı boyama yöntemleri ile görünür hale getirildi. 1D-jellerde ayrıştırılan proteinler elektrotroblotlama tekniği ile poliviniliden diflorür (PVDF) membranlara aktarıldı. Her bir membran önce bir hasta serumu ile, ardından da yabanturpu peroksidazı (HRP)-bağlı fare anti-insan IgE antikoru ile muamele edildi. Western blotlama ile belirlenen IgE-bağlayan proteinler klinik bulgularla birlikte değerlendirildi.
50-100 kDa arasındaki polipeptidlerin ak dut polen ekstresi uygulanmış tüm hastaların serumlarındaki spesifik IgE'ler ile, ≤30 kDa'luk polipeptidlerin ise bazı hastaların IgE'leri ile reaksiyon verdiği gözlendi. Ayrıntılı blot analizleri bazı hastalarda spesifik IgE'lerin 15 kDa'luk polen proteinlerine de bağlandığını gösterdi. Potansiyel alerjenik protein(ler)in 75-80 kDa ve/veya ~ 15 kDa olabileceği sonucuna varıldı.
Mavi atlas sediri polipeptidlerinin Western blotlama sonuçları; genel olarak 30-130 kDa arasındaki polen polipeptidlerinin mavi atlas sediri polen ekstresi uygulanmış tüm hastaların serumlarındaki spesifik IgE'leri bağladığı gözlendi. Ancak 40-130 kDa arasındaki protein bantlarının çoğu, kontrol bireylerinin IgE'leri ile de reaksiyon verdiğinden, potansiyel alerjenik protein(ler)in ≤30 kDa molekül ağırlığında olabileceği öngörüldü.
Son olarak ak dut polen ekstresi 2-boyutlu (2D-) elektroforez ile ayrıştırıldı, membrana aktarıldı ve IgE bağlayan proteinleri belirlemek için hasta serumlarıyla işleme sokuldu. Western blotlama sonuçları referans alınarak 1D-jelden 5 bant (82, 79, 68, 56 ve 15 kDa) ve 2D-jelden 7 spot (78 kDa civarında 3; 51 kDa civarında 3 ve 36 kDa civarında 1 spot) kesildi ve MALDI-TOF/TOF MS (Matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon uçuş süresi/uçuş süresi kütle spektrometrisi) yöntemiyle analiz edildi. Daha sonra veriler Mascot ve Swisprot veritabanında biyoinformatik olarak değerlendirildi.
Ak dut'a ait protein veri bankası bulunmadığından, analiz edilen proteinler ile olası proteinler arasında düşük bir benzerlik gözlendi. Biyoinformatik analizler sonucunda sadece 82 kDa'luk bant 1 için teorik molekül ağırlığı 82054 Da olan 5-metiltetrahidropterioltriglutamat-homosistein metiltransferaz verisine ulaşıldı. Dolayısıyla bu proteinin ak dut polenindeki potansiyel alerjenlerden biri olabileceği öngörüldü.