Adenomyozis tanılı bireylere sahip bir ailede tüm ekzom dizileme yöntemi ile aday varyantların tanımlanması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SEVCAN AYDIN
Danışman: Feyza Nur Tuncer Kılınç
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Adenomyozis endometriyal bez ve dokunun miyometriyuma invazyonu ile tanımlanan östrojene bağımlı kronik inflamatuar bir hastalıktır. Dismenore, menoraji, anormal uterin kanama, disporani ve infertiliteye neden olmaktadır. Endometrial-miyometrial arası alanın mikrotravması, endometriumun miyometriyum içerisine invazyonu gibi birçok farklı teori adenomyozisin oluşumuna zemin hazırladığı düşünülmektedir. Bununla birlikte yapılan çalışmalar farklı gen ailelerinin adenomyozis genetik alt yapısını oluşturmaya katkı sağladığını gösterse de hastalığın alt yapısı hala daha karmaşıktır. Bu nedenle, yapılması planlanan çalışmamızda kadın sağlığını etkileyen adenomyozisin WES (whole exome sequencing-Tüm Ekzon Dizileme) vasıtasıyla hastalık patogenezinde rol oynayan aday gen ve varyantların saptanması amaçlanmaktadır. Bu doğrultuda üç jenerasyona yayılmış 19 vakadan oluşan bir aile çalışmaya dahil edilmiştir. Bu bireylerden 6 tanesi adenomyozis tanılıdır. Bunların yanında 2 endometrioma ve 4 PKOS tanılı vakada çalışmaya dahil edilerek irdelenmiştir. Adenomyozisin karmaşık bir alt yapıya sahip olması ve ailedeki bireylerin sahip olduğu genetik yatkınlıktan ötürü analiz edilen varyantın aday varyant olarak belirlenmesi için bir eşik değer belirlenmiştir. Bu değer 5/6 olmaktadır (6 tanılı adenomyozis vakasından 5'inde bulunması durumudur). Öncelikle, çalışmaya dahil edilen bireylerin DNA materyalleri elde edilmiştir. WES uygulaması Illumina Nextseq 550 platformunda Twist Core Exome Hedef Yakalama ve Zenginleştirme (target capture and enrichment) kiti kullanılarak yapılmıştır. Adenomyozis tanılı üç vakada WES uygulanmıştır. Varyant analizinde her gen özelinde kapsama (coverage) 50X'te %70'den fazla, okuma derinliklerine (read depth) dikkat edilerek ve MAF ≤ %1 özelliklerine bağlı kalınarak SEQ ve Pairend olmak üzere iki ayrı platformda gerçekleştirilmiştir. Bulunan varyantların Sanger dizileme ile ailenin kalanında konfirmasyonu sağlanmıştır. Bu doğrultuda, DNAH5 p.(Arg3042Ter), NTN1 p.(Ser271Ala) ve MIB1 p.(Arg318Ter) novel varyantları bahsedilen eşik değeri sağlamışlardır. Üç gende daha önce literatürde adenomyozis ile ilişkilendirilmemiş yeni genler olarak saptanmışlardır. Bu varyantların birlikte bulunması durumu hastalığın oluşum mekanizmasına zemin hazırladığı yönündedir. Sonuç olarak, Türkiye'de bir ilk olan ailesel adenomyozis çalışmamızın çıktıları geniş hasta popülasyonlarında gerçekleştirilen çalışmalarla desteklendiği takdirde elde edilen bulgularımız adenomyozis patogenezinin aydınlatılmasına olanak sağlayacaktır.