Yayınlar & Eserler

Yayın Ağı
Makaleler 38
Tümü (38)
SCI-E, SSCI, AHCI (34)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (34)
Scopus (36)
TRDizin (3)
Diğer Yayınlar (1)

1. Long-Term Transcriptomic Reprogramming in Peripheral Blood Mononuclear Cells of Severe COVID-19 Survivors Reveals Pro-Oncogenic Signatures and Cancer-Associated Hub Genes

Duru Cetinkaya P., Kayalar O., Eldem V., Argun Baris S., Kokturk N., Kuralay S. C., et al.
VIRUSES , cilt.17, sa.12, ss.1-18, 2025 (Scopus)

2. Dietary phytase and xylanase improves growth performance, intestinal morphometric properties, and metabolic gene expression in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

YILDIZ M., Ofori-Mensah S., Adabi S. G., METİN Ö., ELDEM V., Kaiza V. E., et al.
Aquaculture International , cilt.33, sa.5, 2025 (SCI-Expanded) Creative Commons License identifier

3. Phenotypic plasticity in Mediterranean gorgonians Eunicella singularis and Paramuricea clavata at high temperature and low pH

BELİVERMİŞ M., KILIÇ Ö., ÖZALP H. B., Demiralp S., OKTAYOĞLU S., ELDEM V., et al.
Science of the Total Environment , cilt.990, 2025 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier

4. Mortality event of the Mediterranean Invasive Sea Urchin Diadema setosum from Gokova Bay (Southern Aegean Sea)

Didem Demırcan M. D., Özlem Arslan-Aydogdu E., Dalyan C., Eldem V., Gönülal O., Tüney İ.
ESTUARINE COASTAL AND SHELF SCIENCE , cilt.319, 2025 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

5. De novo genome assembly and annotations of Bombus lapidarius and Bombus niveatus provide insights into the environmental adaptability

Eldem V., Çınar Y. U., Çay S. B., Obut O., Kuralay S. C., Balcı M. A., et al.
APIDOLOGIE , cilt.56, sa.1, 2025 (SCI-Expanded) identifier identifier

6. Biosystematics studies of endemic Thlaspi violascens Boiss. and T. densiflorum Boiss. & Kotschy: Highlights on molecular and morphological identification

Karaismailoğlu M. C., Eldem V., İnal B., Balcı M. A.
FLORA , cilt.322, 2025 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

7. The effects of using hydrolyzed feather meal, amino acids, and probiotics in the diet of juvenile rainbow trout on growth, digestibility, and expression of growth-related genes

Metin Ö., Yıldız M., Eldem V., Adabi S. G.
AQUACULTURE INTERNATIONAL , cilt.32, sa.7, ss.9671-9693, 2024 (SCI-Expanded) identifier identifier

8. Transcriptome-wide analysis uncovers regulatory elements of the antennal transcriptome repertoire of bumblebee at different life stages

Dikmen F., Dabak T., Özgişi B. D., Özenirler Ç., Kuralay S. C., Çay S. B., et al.
Insect Molecular Biology , cilt.33, sa.6, ss.571-588, 2024 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

9. Comparative Transcriptomic Analyses of Peripheral Blood Mononuclear Cells of COVID-19 Patients without Pneumonia and with Severe Pneumonia in the First Year of Follow-Up

Kayalar O., Cetinkaya P. D., Eldem V., Argun Baris S., Kokturk N., Kuralay S. C., et al.
VIRUSES , cilt.16, sa.8, ss.1-19, 2024 (SCI-Expanded)

10. Deciphering the host genetic factors conferring susceptibility to severe COVID-19 using exome sequencing

Uslu K., Ozcelik F., Zararsiz G., Eldem V., Cephe A., Sahin I. O., et al.
GENES AND IMMUNITY , cilt.25, sa.1, ss.14-42, 2024 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

11. Mining NCBI Sequence Read Archive Database: An Untapped Source of Organelle Genomes for Taxonomic and Comparative Genomics Research

Eldem V., Balcı M. A.
DIVERSITY-BASEL , cilt.16, sa.2, 2024 (SCI-Expanded) identifier identifier

12. The effects of dietary microbial 6-phytase on growth parameters, intestinal morphometric properties and selected intestinal genes expression in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1876)

Kaiza V. E., YILDIZ M., ELDEM V., Golzaradabi S., Ofori-Mensah S.
Journal of Animal Physiology and Animal Nutrition , cilt.107, sa.6, ss.1517-1529, 2023 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

13. Global expression pattern of genes containing positively selected sites in European anchovy (Engraulis encrasicolus L.) may shed light on teleost reproduction

Eldem V., Zararsız G., Erkan M.
PLOS ONE , cilt.18, sa.8, 2023 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

14. Comprehensive analysis of circulating viral DNA in maternal plasma at population-scale using low-pass whole-genome sequencing

Eldem V., Kuralay S. C., Ozdogan G., Ozcelik G. H., Aydin D., Cakmak G., et al.
Genomics , cilt.115, sa.2, 2023 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

15. Genetic and morphometric comparisons of populations of Lacerta diplochondrodes Wettstein, 1952 (Squamata: Lacertidae) in Türkiye

Kaya N., ÖZULUĞ O., TOSUNOĞLU M., ELDEM V.
Zoology in the Middle East , cilt.69, sa.4, ss.355-363, 2023 (SCI-Expanded) identifier

16. voomSOM: voom-based Self-Organizing Maps for Clustering RNA-Sequencing Data

Cephe A., Koçhan N., Zararsız G. E., Eldem V., Coşgun E., Karabulut E., et al.
CURRENT BIOINFORMATICS , cilt.18, sa.2, ss.154-169, 2023 (SCI-Expanded) identifier identifier

17. Effect of dietary inclusion of camelina or chia oil on fatty acid digestibility, histology, blood biochemistry and molecular biomarkers in juvenile gilthead sea bream (Sparus aurata, L.)

Ofori-Mensah S., Yildiz M., Eldem V., Urku C., Kaplan C.
TURKISH JOURNAL OF FISHERIES AND AQUATIC SCIENCES , cilt.22, sa.11, 2022 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

18. Genome skimming approach reveals the gene arrangements in the chloroplast genomes of the highly endangered Crocus L. species: Crocus istanbulensis (B.Mathew) Rukans

Cay S. B., Cinar Y. U., Kuralay S. C., Inal B., Zararsiz G., Ciftci A., et al.
PLOS ONE , cilt.17, sa.6, 2022 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

19. Substitution of fish oil with camelina or chia oils in gilthead sea bream (Sparus aurata, L.) diets: Effect on growth performance, fatty acid composition, haematology and gene expression

Ofori-Mensah S., Yıldız M., Arslan M., Eldem V., Gelibolu S.
AQUACULTURE NUTRITION , cilt.26, sa.6, ss.1943-1957, 2020 (SCI-Expanded) identifier identifier

20. Fish oil replacement with different vegetable oils in gilthead seabream, Sparus aurata diets: Effects on fatty acid metabolism based on whole-body fatty acid balance method and genes expression

Ofori-Mensah S., Yıldız M., Arslan M., Eldem V.
AQUACULTURE , cilt.529, 2020 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier

21. Sodium Arsenic Alters the Gene Expression of some Steroidogenic Genes in TM3 Leydig Cell.

Taşçi T., ELDEM V., ERKAN M. B.
Celal Bayar University Journal of Science , cilt.15, sa.3, ss.265-270, 2019 (Hakemli Dergi)

22. MLSeq: Machine learning interface for RNA-sequencing data

GÖKSÜLÜK D., ZARARSIZ G., KORKMAZ S., Eldem V., Zararsiz G. E., Ozcetin E., et al.
COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE , cilt.175, ss.223-231, 2019 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

23. The relationship between phylogenetic classification, virulence and antibiotic resistance of extraintestinal pathogenic Escherichia coli in Izmir province, Turkey

Bozcal E., Eldem V., Aydemir S., Skurnik M.
PEERJ , cilt.6, 2018 (SCI-Expanded, Scopus) identifier identifier identifier

24. The Relationship Between Blood Pressure and Sleep Duration in Turkish Children: A Cross-Sectional Study

BAL C., ÖZTÜRK A., ÇİÇEK B., Ozdemir A., ZARARSIZ G., ÜNALAN D., et al.
JOURNAL OF CLINICAL RESEARCH IN PEDIATRIC ENDOCRINOLOGY , cilt.10, sa.1, ss.51-58, 2018 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

25. Genome-wide EST-SSR Marker Identification in Red Wiggler Worm Eisenia fetida (Savigny, 1826)

ELDEM V.
Celal Bayar University Journal of Science , cilt.14, sa.1, ss.135-140, 2018 (Hakemli Dergi)

26. voomDDA: discovery of diagnostic biomarkers and classification of RNA-seq data

ZARARSIZ G., Goksuluk D., Klaus B., Korkmaz S., Eldem V., KARABULUT E., et al.
PEERJ , cilt.5, 2017 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

27. A comprehensive simulation study on classification of RNA-Seq data

Zararsiz G., Goksuluk D., Korkmaz S., Eldem V., Zararsiz G. E., Duru I. P., et al.
PLOS ONE , cilt.12, sa.8, 2017 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

28. A Quick and Efficient Method for DNA Isolation from Freshwater Ostracods

KUBANÇ S. N., Taşcı T., KUBANÇ C., Özuluğ O., ELDEM V.
Genetics of Aquatic Organisms , cilt.1, sa.1, ss.1-7, 2017 (Scopus)

29. Global Transcriptome Analysis Reveals Differences in Gene Expression Patterns Between Nonhyperhydric and Hyperhydric Peach Leaves

Bakir Y., Eldem V., ZARARSIZ G., Unver T.
PLANT GENOME , cilt.9, sa.2, 2016 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

30. Theory of room temperature ferromagnetism in Cr modified DNA nanowire

Duru I. P., DEĞER C., Eldem V., Kalayci T., AKTAŞ Ş.
JOURNAL OF PHYSICS D-APPLIED PHYSICS , cilt.49, sa.13, 2016 (SCI-Expanded) identifier identifier

31. The complete mitochondrial genome of Alburnus tarichi (Teleostei, Cyprinidae)

Kubanc N., Eldem V., Kubanc C.
Mitochondrial DNA , cilt.27, sa.2, ss.1243-1244, 2016 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

32. Complete mitochondrial genome of Alburnus istanbulensis (Teleostei, Cyprinidae).

Eldem V., Kubanc C., Kubanc N.
Mitochondrial DNA. Part A, DNA mapping, sequencing, and analysis , cilt.27, sa.2, ss.1241-2, 2016 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

33. De novo assembly and comprehensive characterization of the skeletal muscle transcriptomes of the European anchovy (Engraulis encrasicolus)

Eldem V., ZARARSIZ G., Erkan M., Bakir Y.
MARINE GENOMICS , cilt.20, ss.7-9, 2015 (SCI-Expanded) identifier identifier identifier

34. Genome-Wide Analysis of the bZIP Transcription Factors in Cucumber

Baloglu M. C., Eldem V., Hajyzadeh M., Unver T.
PLOS ONE , cilt.9, sa.4, 2014 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

35. Boron Stress Responsive MicroRNAs and Their Targets in Barley

Ozhuner E., Eldem V., Ipek A., Okay S., Sakcali S., Zhang B., et al.
PLOS ONE , cilt.8, sa.3, 2013 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

36. Plant microRNAs: new players in functional genomics

Eldem V., Okay S., Unver T.
TURKISH JOURNAL OF AGRICULTURE AND FORESTRY , cilt.37, sa.1, ss.1-21, 2013 (SCI-Expanded) identifier identifier

37. Genome-Wide Identification of miRNAs Responsive to Drought in Peach (Prunus persica) by High-Throughput Deep Sequencing

Eldem V., Akcay U. C., Ozhuner E., Bakir Y., Uranbey S., Unver T.
PLOS ONE , cilt.7, sa.12, 2012 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma identifier identifier identifier

38. Micro-RNA Regulation for Boron Toxicity Tolerance in Barley

ÜNVER T., Erkilic E. G., Eldem V., Sakcali S., İPEK A., Uranbey S., et al.
IN VITRO CELLULAR & DEVELOPMENTAL BIOLOGY-ANIMAL , cilt.48, ss.40, 2012 (SCI-Expanded) identifier
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler 15

1. Hidroliz Tüy Unu ve Probiyotik İçeren Diyetlerin Jüvenil Gökkuşağı Alabalığında Büyüme Performansı, Sindirilebilirlik, Et Kalitesi, Bağırsak H4stolojisi ve Gen Ekspresyonuna Etkisi

Metin Ö., Yıldız M., Eldem V., Adabi S. G.
23. Ulusal Su Ürünleri Sempozyumu, Elazığ, Türkiye, 23 - 25 Eylül 2025, ss.48, (Özet Bildiri) Creative Commons License

2. Yemlerde Kullanılan Mikrobiyal 6-Fitaz ve Ksilanazın Gökkuşağı Alabalığında Büyüme Performansına, Et Kalitesine, Yem Kullanımına, Bağırsak Morfometrik Özelliklerine ve Gen Ekspresyonuna Etkileri

Yıldız M., Kaıza V., Eldem V., Metin Ö., Ofori-Mensah S., Karataş Steınum S., et al.
23. Ulusal Su Ürünleri Sempozyumu, Elazığ, Türkiye, 23 - 25 Eylül 2025, ss.33, (Tam Metin Bildiri) Creative Commons License

3. ANTENNAL TRANSCRIPTOME ANALYSIS AND BEHAVIORAL STUDIES TO DECIPHER THE GENETIC BASIS OF OLFACTION IN BOMBUS TERRESTRIS L.

Dikmen F., Dabak T., Özenirler Ç., Daşer-Özgişi B., Eldem V.
Eurbee 10th Congress of Apidology, Tallinn, Estonya, 16 - 19 Eylül 2024, ss.222, (Özet Bildiri)

4. CHROMOSOME-SCALE GENOMIC ANALYSIS INSIGHTS INTO LOCAL ADAPTATION AND FUTURE CLIMATE-INDUCED VULNERABILITY OF TWO BUMBLEBEE SPECIES: BOMBUS LAPIDARIUS AND BOMBUS NIVEATUS

Eldem V., Çınar Y. U., Çay S. B., Kuralay S. C., Balcı M. A., Akbaba P., et al.
Eurbee 10th Apidology Congress, Tallinn, Estonya, 16 - 19 Eylül 2024, ss.99, (Özet Bildiri)

5. Effects of ocean acidification and warming on Mediterranean gorgonians: physiological, transcriptomic, and epigenetic responses

Belivermiş M., Kılıç Ö., Oktayoğlu S., Eldem V., Demiralp S., Şahin B., et al.
European Coral Reef Symposium , Naples, İtalya, 2 - 05 Temmuz 2024, ss.1, (Tam Metin Bildiri)

6. The multistressor effect of ocean acidification, microplastic and lanthanum on sea urchin Arbacia lixula.

Şahin B., Belivermiş M., Demiralp S., Sezer N., Bektaş S., Eldem V., et al.
PRIMO22, Nantes, Fransa, 26 - 29 Mayıs 2024, ss.236, (Özet Bildiri)

7. Mikrobiyal 6-Fitazın Gökkuşağı Alabalığında (Oncorhynchus mykiss) Büyüme Performansı, Bağırsak Histolojisi ve Gen Ekspresyonuna Etkileri

Yıldız M., Eldem V.
6. BALIK BESLEME VE YEM TEKNOLOJİSİ ÇALIŞTAYI, Antalya, Türkiye, 27 - 28 Eylül 2023, ss.22, (Özet Bildiri)

8. The Comprehensive Characterization of Segmental Duplication in Zebrafish Genome

DİKMEN F., YILDIZBAYRAK N., ELDEM V., ERKAN M. B.
13th International Symposium on Fisheries and Aquatic Sciences (FABA), Ankara, Türkiye, 21 - 23 Kasım 2018, ss.81, (Özet Bildiri)

9. Phylogenetic relationship and virulence properties of extraintestinal pathogenic Escherichia coli

Bozcal E., Eldem V., Aydemir S., Skurnik M.
10th Balkan Congress of Microbiology, Sofia, Bulgaristan, 16 - 18 Kasım 2017, ss.17, (Özet Bildiri)

10. Genomic regions associated with virulence and antibiotic resistance in Extraintestinal Pathogenic Escherichia coli strains Phylogenetic group B2

Bozcal E., Eldem V., Aydemir S., Skurnik M.
7th European Conference on Prokaryotic and Fungal Genomics, Göttingen, Almanya, 19 - 22 Eylül 2017, ss.20, (Özet Bildiri)

11. Whole-Genome Characterization and Composition of European Anchovy (Engraulis Encrasicolus L., 1758)

ELDEM V., Yüksel B., ERKAN M. B., Zararsız G., DİKMEN F., Saraç A., et al.
FABA 2016: International Symposium on Fisheries and Aquatic Sciences, Antalya, Türkiye, 3 - 05 Kasım 2016, ss.111-112, (Tam Metin Bildiri)

12. Hamsi balığı (Engraulis Encrasicolus)’nın yumurta gelişiminde rol oynayan genlerin karşılaştırmalı transkriptomik yaklaşım ile belirlenmesi

ELDEM V., AYDIN Y., Yüksel B., ERKAN M. B.
II. Ulusal Su Ürünleri Yetiştiriciliğinde Gamet Biyolojisi Çalıştayı, Muğla, Türkiye, 19 - 21 Nisan 2016, ss.1, (Tam Metin Bildiri)

13. Şeftali (Prunus persica L.)’ de kuraklık stresi ile ilişkili mikroRNA’ ların yeni nesil dizileme teknolojisiyle tanımlanması ve karekterizasyonu

ELDEM V., Bakır Y., Akçay U. Ç., ÜNVER T.
2. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 1 - 04 Aralık 2012, ss.58-59, (Özet Bildiri) Sürdürülebilir Kalkınma

14. İşlevsel Genomiğin Yeni Oyuncusu; Bitki MikroRNA’ları

ÜNVER T., Erkılıç E. G., Özhüner E., Yanık H., Böke H., Hajyzadeh M., et al.
2. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 1 - 04 Aralık 2012, ss.18-19, (Özet Bildiri)

15. Micro-RNA Regulation for Boron Toxicity Tolerance in Barley

Unver T., ELDEM V.
World Congress on In vitro biology, Washington, Amerika Birleşik Devletleri, 3 - 07 Haziran 2012, cilt.48, ss.40, (Tam Metin Bildiri)
Kitaplar 10

1. Dual transcriptomics data and host-pathogen interaction detection

Eldem V., Çınar Y. U., Çay S. B., Kuralay S. C., Kayalar Ö., Zararsız G., et al.
Systems Biology Approaches for Host-Pathogen Interaction Analysis, Mohd. Tashfeen Ashraf,Abdul Arif Khan,Fahad M. Aldakheel, Editör, Elsevier Science, Oxford/Amsterdam , Massachusetts, ss.190-210, 2024

2. MicroRNAs and Long Non-coding RNAs as Key Targets

Obut O., Akbaba P., Balcı M. A., Bakır Y., Eldem V.
Oncology: Genomics, Precision Medicine and Therapeutic Target, Hardeep Singh Tuli,Mükerrem Betül Yerer Aycan, Editör, Springer Nature, Singapore, ss.39-76, 2023

3. Best Practices of Feature Selection in Multi-Omics Data

İpekten F., ERTÜRK ZARARSIZ G., DOĞAN H. O., ELDEM V., ZARARSIZ G.
Encyclopedia of Data Science and Machine Learning, John Wang, Editör, IGI Global, ss.2045-2059, 2023

4. Class Discovery, Comparison, and Prediction Methods for RNA-Seq Data

CEPHE A., KOÇHAN N., ERTÜRK ZARARSIZ G., ELDEM V., ZARARSIZ G.
Encyclopedia of Data Science and Machine Learning, John Wang, Editör, IGI Global, ss.2060-2084, 2023

5. Transcriptome Analysis for Non-Model Organism: Current Status and Best-Practices

ELDEM V., Zararsız G., Taşçi T., Duru İ. P., Bakır Y., ERKAN M. B.
Applications of RNA-Seq and Omics Strategies - From Microorganisms to Human Health, March F.A.,Cirillo P.D.R.,Mateo E.C, Editör, Intech, Rijeka, ss.55-77, 2017 Sürdürülebilir Kalkınma

6. Transcriptome Analysis for Non-Model Organism: Current Status and Best-Practices

ELDEM V., Zararsız G., Taşçi T., Duru İ. P., Bakır Y., ERKAN M. B.
Applications of RNA-Seq and Omics Strategies - From Microorganisms to Human Health, March F.A.,Cirillo P.D.R.,Mateo E.C, Editör, Intech, Rijeka, ss.55-77, 2017 Sürdürülebilir Kalkınma

7. Diluted Magnetic DNA Nanowires

Değer C., ELDEM V., Duru İ. P.
Nanowires - New Insights, Maaz K., Editör, Intech, Rijeka, ss.189-207, 2017

8. Antimicrobial Polypeptides in the Control of Plant Pathogenic Bacteria

ELDEM V.
Sustainable Approaches to Controlling Plant Pathogenic Bacteria, Kannan R.V., Bastas K.K., Editör, Crc Press, Florida, ss.123-148, 2015

9. Drosophila'da Eksen Spesifikasyonunun Genetiği

ELDEM V.
Gelişim Biyolojisi, "Erkan M.", "İrez T.", Editör, Nobel Tıp Kitapevi, İstanbul, ss.203-237, 2013

10. Kuşlar ve Memeliler: Erken Gelişim ve Eksen Oluşumu

ELDEM V.
Gelişim Biyolojisi, "Erkan M.", "İrez T.", Editör, Nobel Tıp Kitapevi, İstanbul, ss.287-319, 2013
Diğer Yayınlar 1

1. Machine learning interface for RNA-Seq data

Zararsiz G., Goksuluk D., Korkmaz S., ELDEM V., Duru I. P., Unver T., et al.
Diğer, ss.1-10, 2014 Sürdürülebilir Kalkınma
Metrikler

Yayın

64

Yayın (WoS)

34

Yayın (Scopus)

36

Atıf (WoS)

619

H-İndeks (WoS)

11

Atıf (Scopus)

794

H-İndeks (Scopus)

11

Atıf (Scholar)

111

H-İndeks (Scholar)

4

Atıf (Sobiad)

51

H-İndeks (Sobiad)

5

Proje

38

Tez Danışmanlığı

3

Açık Erişim

3
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları