Dr. Öğr. Üyesi Muzaffer ARIKAN | AVESİS

Akademik Veri Yönetim Sistemi

Yayınlar & Eserler

Makaleler 24

1. Microbiome signatures of virulence in the oral-gut-brain axis influence Parkinson's disease and cognitive decline pathophysiology

Clasen F., Yıldırım S., Arıkan M., Garcia-Guevara F., Hanoğlu L., Yılmaz N. C., et al.

GUT MICROBES , cilt.17, sa.1, 2025 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

2. Construction of Protein Sequence Databases for Metaproteomics: A Review of the Current Tools and Databases

Arıkan M., Atabay B.

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH , cilt.23, sa.12, ss.5250-5262, 2024 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

3. gNOMO2: a comprehensive and modular pipeline for integrated multi-omics analyses of microbiomes

Arıkan M., Muth T.

GIGASCIENCE , cilt.13, ss.1-11, 2024 (SCI-Expanded)

4. Investigation of the Relationship Between Akkermansia Genomic Diversity in Gut Microbiota and Parkinson's Disease Dementia

ARIKAN M., Kahraman Demir T., Yildiz Z., HELVACI YILMAZ N., Sen A., HANOĞLU L., et al.

MIKROBIYOLOJI BULTENI , cilt.58, sa.1, ss.13-28, 2024 (SCI-Expanded)

Creative Commons License

5. Metaproteogenomic analysis of saliva samples from Parkinson's disease patients with cognitive impairment

ARIKAN M., Demir T. K., Yildiz Z., NALBANTOĞLU Ö. U., KORKMAZ N. D., Yilmaz N. H., et al.

NPJ BIOFILMS AND MICROBIOMES , cilt.9, sa.1, 2023 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

6. Integrated multi-omics analyses of microbial communities: a review of the current state and future directions

ARIKAN M., Muth T.

MOLECULAR OMICS , cilt.19, sa.8, ss.607-623, 2023 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

7. An in silico Investigation of Anticancer Peptide Candidates in Fermented Food Microbiomes

Experimed , cilt.13, sa.1, ss.64-72, 2023 (Scopus)

8. TÜRKİYE POPÜLASYONUNDA HLA-DQ POLİMORFİZMLERİNİN HEPATİT B VİRÜS ENFEKSİYONU İLE İLİŞKİSİ

Çakal B., Arıkan M., Atasoy A., Çavuş B., Poda M., Bulakçı M., et al.

Sabiad , cilt.5, sa.3, ss.186-192, 2022 (Hakemli Dergi)

Creative Commons License

Sürdürülebilir Kalkınma

9. Comparison of S gene mutations in patients with occult and chronic hepatitis B virus infection

Cakal B., Cavus B., Atasoy A., Altunok D., Poda M., Bulakcı M., et al.

VIRUS RESEARCH , cilt.318, 2022 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

10. Axillary Microbiota Is Associated with Cognitive Impairment in Parkinson's Disease Patients

ARIKAN M., Yildiz Z., Demir T. K., YILMAZ N. C., Sen A., HANOĞLU L., et al.

MICROBIOLOGY SPECTRUM , cilt.10, sa.1, 2022 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

11. Stratification of the Gut Microbiota Composition Landscape across the Alzheimer's Disease Continuum in a Turkish Cohort

YILDIRIM S., NALBANTOĞLU Ö. U., Bayraktar A., Ercan F. B., GÜNDOĞDU A., VELİOĞLU H. A., et al.

MSYSTEMS , cilt.7, sa.1, 2022 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

12. Microbial composition of Kombucha determined using amplicon sequencing and shotgun metagenomics

Arikan M., Mitchell A. L., Finn R. D., Gurel F.

JOURNAL OF FOOD SCIENCE , cilt.85, sa.2, ss.455-464, 2020 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

13. Spleen Tyrosine Kinase Inhibitor TAK-659 Prevents Splenomegaly and Tumor Development in a Murine Model of Epstein-Barr Virus-Associated Lymphoma

Cen O., Kannan K., Sappal J. H., Yu J., Zhang M., Arikan M., et al.

MSPHERE , sa.4, 2018 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

14. Gene level interactions of four commonly used herbal products-a systematic literature

Arıkan M., Arı Ş.

Journal of Biological Sciences , cilt.18, sa.6, ss.307-316, 2018 (Scopus)

15. Water as Source of Francisella tularensis Infection in Humans, Turkey

Kilic S., Birdsell D. N., Karagoz A., Celebi B., Bakkaloglu Z., Arikan M., et al.

EMERGING INFECTIOUS DISEASES , cilt.21, sa.12, ss.2213-2216, 2015 (SCI-Expanded)

16. Genomic analysis reveals the biotechnological and industrial potential of levan producing halophilic extremophile, Halomonas smyrnensis AAD6T

Diken E., Ozer T., Arikan M., Emrence Z., Oner E. T., Ustek D., et al.

SPRINGERPLUS , cilt.4, 2015 (SCI-Expanded)

17. Mitochondrial mutations in patients with congenital heart defects by next generation sequencing technology.

Abaci N., Arikan M., Tansel T., Sahin N., Cakiris A., Pacal F., et al.

Cardiology in the young , cilt.25, ss.705-11, 2015 (SCI-Expanded)

18. Mitochondrial DNA profiling via genomic analysis in mesial temporal lobe epilepsy patients with hippocampal sclerosis

Gurses C., Azakli H., Alptekin A., Cakiris A., Abaci N., Arikan M., et al.

GENE , cilt.538, sa.2, ss.323-327, 2014 (SCI-Expanded)

19. Role of the line probe assay INNO-LiPA HBV DR and ultradeep pyrosequencing in detecting resistance mutations to nucleoside/nucleotide analogues in viral samples isolated from chronic hepatitis B patients

Mese S., Arikan M., Cakiris A., Abaci N., Gumus E., Kursun O., et al.

JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY , cilt.94, ss.2729-2738, 2013 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

20. Whole mitochondrial DNA variations in hippocampal surgical specimens and blood samples with high-throughput sequencing: a case of mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis.

AZAKLI H., Gurses C., ARIKAN M., AYDOSELI A., ARAS Y., SENCER A., et al.

Gene , cilt.529, ss.190-4, 2013 (SCI-Expanded)

21. Whole mitochondrial genome analysis of a family with NARP/MILS caused by m.8993T > C mutation in the MT-ATP6 gene

KARA B., Arikan M., Maras H., Abaci N., Cakiris A., Ustek D.

MOLECULAR GENETICS AND METABOLISM , sa.3, ss.389-393, 2012 (SCI-Expanded)

22. A genome-wide analysis of lentivector integration sites using targeted sequence capture and next generation sequencing technology

Ustek D., Sirma S., Gumus E., Arikan M., Cakiris A., Abaci N., et al.

INFECTION GENETICS AND EVOLUTION , cilt.12, ss.1349-1354, 2012 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

Sürdürülebilir Kalkınma

23. Draft Genome Sequence of Halomonas smyrnensis AAD6(T)

Sogutcu E., Emrence Z., Arikan M., Cakiris A., Abaci N., Oner E. T., et al.

JOURNAL OF BACTERIOLOGY , cilt.194, sa.20, ss.5690-5691, 2012 (SCI-Expanded)

24. Hücre hatlarını oluşturmakta kullanılan plazmidlerin integrasyon bölgelerinin belirlenmesi

ARIKAN M., ÇAKİRİS A., EMRENCE Z., ÇAKAR A., PAÇAL F., ABACI N., et al.

EXPERIMED , 2012 (Hakemli Dergi)

Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler 10

1. MetaPepticon: automated anticancer peptide prediction from genomics and metagenomics datasets

Erözden A. A., Tavşanli N., Demirel G., Şanli N. Ö., Çalişkan M., Arikan M.

EMBO | EMBL Symposium: The Human Microbiome, Heidelberg, Almanya, 16 - 19 Eylül 2025, (Yayınlanmadı)

2. Güvercin dışkı mikrobiyomlarındaki antibiyotik rezistom profilinin shotgun metagenomik analizlerle incelenmesi

Kocakahya I., Şahin G., Büyükkahraman E., Arikan M.

26. Ulusal Biyoloji Kongresi, Muğla, Türkiye, 3 - 07 Eylül 2025, ss.1, (Özet Bildiri)

3. MetaPepticon: An Automated Pipeline for Anticancer Peptide Prediction from Shotgun Metagenomics Datasets

Erözden A. A., Tavşanlı N., Demirel G., Şanlı N. Ö., Çalışkan M., Arıkan M.

The 17th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, İstanbul, Türkiye, 18 - 20 Aralık 2024, ss.31, (Özet Bildiri)

4. MetaProDB: A Collection of Biome-Specific Protein Sequence Databases for Metaproteomics

6th Turkish National Proteomics Congress, Kocaeli, Türkiye, 11 - 12 Ekim 2024, (Özet Bildiri)

5. REM uykusu davranis bozuklugu ve Parkinson hastaliginda ortusen ve ayrisan bagirsak mikrobiyomu degisimleri: Makine ogrenmesi temelli bir meta-analiz

22. Ulusal Sinirbilim Kongresi, İstanbul, Türkiye, 3 - 06 Eylül 2024, (Özet Bildiri)

6. Fermente Gıda Mikrobiyomlarındaki Aday Antikanser Peptitlerin In Silico Analizlerle Belirlenmesi

5. Ulusal Uygulamalı Biyolojik Bilimler Kongresi, Türkiye, 29 - 30 Ekim 2022, (Özet Bildiri)

7. Parkinson hastalarında bilişsel bozukluğun tükürükte entegre metaproteogenomik analizle incelenmesi

ARIKAN M., Yıldız Z., KAHRAMAN DEMİR T., H. YILMAZ N., ŞEN A., HANOĞLU L., et al.

20. Ulusal Sinirbilim Kongresi, Türkiye, 19 - 23 Ekim 2022, (Özet Bildiri)

8. Parkinson Hastalarında Bilişsel Bozukluk ve Aksiller Mikrobiyota İlişkisi

ARIKAN M., YILDIRIM S.

19. Ulusal Sinirbilim Kongresi, Türkiye, 23 Kasım 2021, (Özet Bildiri)

9. Konjenital kalp defektli hastalarda yeni nesil dizileme yöntemi ile mitokondriyal mutasyonlar

ABACI N., ARIKAN M., GÖK E., ÇAKİRİS A., SIRMA EKMEKCİ S., TANSEL T., et al.

XIII. Ulusal Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi, Türkiye, 27 - 30 Ekim 2013, (Özet Bildiri)

10. An Insertion Mutation in the MDFIC (MyoD Family Inhibitor Domain Containing) Gene Defines a Novel Autoinflammatory Syndrome Associated with Lymphedema

GÜL A., ÜSTEK D., HATEMİ G., AZAKLI H., EMRENCE Z., COŞAN F., et al.

75th Annual Scientific Meeting of the American-College-of-Rheumatology (ACR) / 46th Annual Scientific Meeting of the Association-of-Rheumatology-Health-Professionals (ARHP), Amerika Birleşik Devletleri, 4 - 09 Kasım 2011, (Özet Bildiri)

Kitaplar 2

1. Mikrobiyom araştırmalarında analitik ve biyoinformatik analizler

YILDIRIM S., ARIKAN M.

Ağız Mikrobiyotası , Altındiş Mustafa, Editör, Nobel Akademik Yayıncılık, Ankara, ss.311-336, 2022

2. Next-generation sequencing: advantages, disadvantages, and future

ARI Ş., ARIKAN M.

Plant Omics: Trends and Applications, , Editör, Springer, Zürich, ss.109-136, 2016

Metrikler

Yayın

36

Yayın (WoS)

20

Yayın (Scopus)

22

Atıf (WoS)

372

H-İndeks (WoS)

11

Atıf (Scopus)

507

H-İndeks (Scopus)

13

Atıf (Scholar)

769

H-İndeks (Scholar)

14

Proje

15

Açık Erişim

2

BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları