Metrikler
Yayın
36
Açık Erişim
2
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Biyografi
Lisans eğitimini İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde, yüksek lisans eğitimini Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Genetik Bölümü'nde, doktora eğitimini ise İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde tamamlamıştır. Doktora sonrası araştırmalarını, İstanbul Medipol Üniversitesi Rejeneratif ve Restoratif Tıp Araştırmaları Merkezi'nde (REMER), nörodejeneratif hastalıklar ve insan mikrobiyomu ilişkisi üzerine yürütmüş ve aynı kurumda doktor öğretim üyesi olarak görev almıştır. Ayrıca, European Molecular Biology Laboratory European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI, Cambridge, İngiltere) ve Federal Institute for Materials Research and Testing (BAM, Berlin, Almanya) bünyesinde misafir araştırmacı olarak bulunmuş, mikrobiyom, metagenomik, multi-omik ve biyoinformatik alanlarında araştırmalar gerçekleştirmiştir. Halen İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümü Biyoteknoloji Anabilim Dalı'nda doktor öğretim üyesi olarak görev yapmakta ve mikrobiyal komünitelerin yapı ve işlevlerinin meta-omik tekniklerle analizi üzerine çalışmalarını sürdürmektedir.
Eğitim Bilgileri
2013 - 2018
2013 - 2018Doktora
İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Türkiye
2010 - 2012
2010 - 2012Yüksek Lisans
İstanbul Üniversitesi, Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü, Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye
2005 - 2010
2005 - 2010Lisans
İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat, Moleküler Biyoloji Ve Genetik, Türkiye
Araştırma Alanları
Biyoinformatik
Biyoteknoloji
Mikrobiyoloji
Moleküler Biyoloji ve Genetik
Akademik Ünvanlar / Görevler
2024 - Devam Ediyor
2024 - Devam EdiyorDr. Öğr. Üyesi
İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü
2022 - 2024
2022 - 2024Dr. Öğr. Üyesi
İstanbul Medipol Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü
Makaleler
Tümü (24)
SCI-E, SSCI, AHCI (20)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (20)
Scopus (22)
TRDizin (4)
2025
20251. Microbiome signatures of virulence in the oral-gut-brain axis influence Parkinson's disease and cognitive decline pathophysiology
Clasen F., Yıldırım S., Arıkan M., Garcia-Guevara F., Hanoğlu L., Yılmaz N. C., et al.
GUT MICROBES
, cilt.17, sa.1, 2025 (SCI-Expanded)
2024
20242. Construction of Protein Sequence Databases for Metaproteomics: A Review of the Current Tools and Databases
Arıkan M., Atabay B.
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
, cilt.23, sa.12, ss.5250-5262, 2024 (SCI-Expanded)
2024
20243. gNOMO2: a comprehensive and modular pipeline for integrated multi-omics analyses of microbiomes
Arıkan M., Muth T.
GIGASCIENCE
, cilt.13, ss.1-11, 2024 (SCI-Expanded)
2024
20244. Investigation of the Relationship Between Akkermansia Genomic Diversity in Gut Microbiota and Parkinson's Disease Dementia
ARIKAN M., Kahraman Demir T., Yildiz Z., HELVACI YILMAZ N., Sen A., HANOĞLU L., et al.
MIKROBIYOLOJI BULTENI
, cilt.58, sa.1, ss.13-28, 2024 (SCI-Expanded)
2023
20235. Metaproteogenomic analysis of saliva samples from Parkinson's disease patients with cognitive impairment
ARIKAN M., Demir T. K., Yildiz Z., NALBANTOĞLU Ö. U., KORKMAZ N. D., Yilmaz N. H., et al.
NPJ BIOFILMS AND MICROBIOMES
, cilt.9, sa.1, 2023 (SCI-Expanded)
2023
20236. Integrated multi-omics analyses of microbial communities: a review of the current state and future directions
ARIKAN M., Muth T.
MOLECULAR OMICS
, cilt.19, sa.8, ss.607-623, 2023 (SCI-Expanded)
2023
20237. An in silico Investigation of Anticancer Peptide Candidates in Fermented Food Microbiomes
ARIKAN M.
Experimed
, cilt.13, sa.1, ss.64-72, 2023 (Scopus)
2022
20228. TÜRKİYE POPÜLASYONUNDA HLA-DQ POLİMORFİZMLERİNİN HEPATİT B VİRÜS ENFEKSİYONU İLE İLİŞKİSİ
Çakal B., Arıkan M., Atasoy A., Çavuş B., Poda M., Bulakçı M., et al.
Sabiad
, cilt.5, sa.3, ss.186-192, 2022 (Hakemli Dergi)
2022
20229. Comparison of S gene mutations in patients with occult and chronic hepatitis B virus infection
Cakal B., Cavus B., Atasoy A., Altunok D., Poda M., Bulakcı M., et al.
VIRUS RESEARCH
, cilt.318, 2022 (SCI-Expanded)
2022
202210. Axillary Microbiota Is Associated with Cognitive Impairment in Parkinson's Disease Patients
ARIKAN M., Yildiz Z., Demir T. K., YILMAZ N. C., Sen A., HANOĞLU L., et al.
MICROBIOLOGY SPECTRUM
, cilt.10, sa.1, 2022 (SCI-Expanded)
2022
202211. Stratification of the Gut Microbiota Composition Landscape across the Alzheimer's Disease Continuum in a Turkish Cohort
YILDIRIM S., NALBANTOĞLU Ö. U., Bayraktar A., Ercan F. B., GÜNDOĞDU A., VELİOĞLU H. A., et al.
MSYSTEMS
, cilt.7, sa.1, 2022 (SCI-Expanded)
2020
202012. Microbial composition of Kombucha determined using amplicon sequencing and shotgun metagenomics
Arikan M., Mitchell A. L., Finn R. D., Gurel F.
JOURNAL OF FOOD SCIENCE
, cilt.85, sa.2, ss.455-464, 2020 (SCI-Expanded)
2018
201813. Spleen Tyrosine Kinase Inhibitor TAK-659 Prevents Splenomegaly and Tumor Development in a Murine Model of Epstein-Barr Virus-Associated Lymphoma
Cen O., Kannan K., Sappal J. H., Yu J., Zhang M., Arikan M., et al.
MSPHERE
, sa.4, 2018 (SCI-Expanded)
2018
201814. Gene level interactions of four commonly used herbal products-a systematic literature
Arıkan M., Arı Ş.
Journal of Biological Sciences
, cilt.18, sa.6, ss.307-316, 2018 (Scopus)
2015
201515. Water as Source of Francisella tularensis Infection in Humans, Turkey
Kilic S., Birdsell D. N., Karagoz A., Celebi B., Bakkaloglu Z., Arikan M., et al.
EMERGING INFECTIOUS DISEASES
, cilt.21, sa.12, ss.2213-2216, 2015 (SCI-Expanded)
2015
201516. Genomic analysis reveals the biotechnological and industrial potential of levan producing halophilic extremophile, Halomonas smyrnensis AAD6T
Diken E., Ozer T., Arikan M., Emrence Z., Oner E. T., Ustek D., et al.
SPRINGERPLUS
, cilt.4, 2015 (SCI-Expanded)
2015
201517. Mitochondrial mutations in patients with congenital heart defects by next generation sequencing technology.
Abaci N., Arikan M., Tansel T., Sahin N., Cakiris A., Pacal F., et al.
Cardiology in the young
, cilt.25, ss.705-11, 2015 (SCI-Expanded)
2014
201418. Mitochondrial DNA profiling via genomic analysis in mesial temporal lobe epilepsy patients with hippocampal sclerosis
Gurses C., Azakli H., Alptekin A., Cakiris A., Abaci N., Arikan M., et al.
GENE
, cilt.538, sa.2, ss.323-327, 2014 (SCI-Expanded)
2013
201319. Role of the line probe assay INNO-LiPA HBV DR and ultradeep pyrosequencing in detecting resistance mutations to nucleoside/nucleotide analogues in viral samples isolated from chronic hepatitis B patients
Mese S., Arikan M., Cakiris A., Abaci N., Gumus E., Kursun O., et al.
JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY
, cilt.94, ss.2729-2738, 2013 (SCI-Expanded)
2013
201320. Whole mitochondrial DNA variations in hippocampal surgical specimens and blood samples with high-throughput sequencing: a case of mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis.
AZAKLI H., Gurses C., ARIKAN M., AYDOSELI A., ARAS Y., SENCER A., et al.
Gene
, cilt.529, ss.190-4, 2013 (SCI-Expanded)
2012
201221. Whole mitochondrial genome analysis of a family with NARP/MILS caused by m.8993T > C mutation in the MT-ATP6 gene
KARA B., Arikan M., Maras H., Abaci N., Cakiris A., Ustek D.
MOLECULAR GENETICS AND METABOLISM
, sa.3, ss.389-393, 2012 (SCI-Expanded)
2012
201222. A genome-wide analysis of lentivector integration sites using targeted sequence capture and next generation sequencing technology
Ustek D., Sirma S., Gumus E., Arikan M., Cakiris A., Abaci N., et al.
INFECTION GENETICS AND EVOLUTION
, cilt.12, ss.1349-1354, 2012 (SCI-Expanded)
2012
201223. Draft Genome Sequence of Halomonas smyrnensis AAD6(T)
Sogutcu E., Emrence Z., Arikan M., Cakiris A., Abaci N., Oner E. T., et al.
JOURNAL OF BACTERIOLOGY
, cilt.194, sa.20, ss.5690-5691, 2012 (SCI-Expanded)
2012
201224. Hücre hatlarını oluşturmakta kullanılan plazmidlerin integrasyon bölgelerinin belirlenmesi
ARIKAN M., ÇAKİRİS A., EMRENCE Z., ÇAKAR A., PAÇAL F., ABACI N., et al.
EXPERIMED , 2012 (Hakemli Dergi)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2025
20251. MetaPepticon: automated anticancer peptide prediction from genomics and metagenomics datasets
Erözden A. A., Tavşanli N., Demirel G., Şanli N. Ö., Çalişkan M., Arikan M.
EMBO | EMBL Symposium: The Human Microbiome, Heidelberg, Almanya, 16 - 19 Eylül 2025, (Yayınlanmadı)
2025
20252. Güvercin dışkı mikrobiyomlarındaki antibiyotik rezistom profilinin shotgun metagenomik analizlerle incelenmesi
Kocakahya I., Şahin G., Büyükkahraman E., Arikan M.
26. Ulusal Biyoloji Kongresi, Muğla, Türkiye, 3 - 07 Eylül 2025, ss.1, (Özet Bildiri)
2024
20243. MetaPepticon: An Automated Pipeline for Anticancer Peptide Prediction from Shotgun Metagenomics Datasets
Erözden A. A., Tavşanlı N., Demirel G., Şanlı N. Ö., Çalışkan M., Arıkan M.
The 17th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, İstanbul, Türkiye, 18 - 20 Aralık 2024, ss.31, (Özet Bildiri)
2024
20244. MetaProDB: A Collection of Biome-Specific Protein Sequence Databases for Metaproteomics
ARIKAN M.
6th Turkish National Proteomics Congress, Kocaeli, Türkiye, 11 - 12 Ekim 2024, (Özet Bildiri)
2024
20245. REM uykusu davranis bozuklugu ve Parkinson hastaliginda ortusen ve ayrisan bagirsak mikrobiyomu degisimleri: Makine ogrenmesi temelli bir meta-analiz
ARIKAN M.
22. Ulusal Sinirbilim Kongresi, İstanbul, Türkiye, 3 - 06 Eylül 2024, (Özet Bildiri)
2022
20226. Fermente Gıda Mikrobiyomlarındaki Aday Antikanser Peptitlerin In Silico Analizlerle Belirlenmesi
ARIKAN M.
5. Ulusal Uygulamalı Biyolojik Bilimler Kongresi, Türkiye, 29 - 30 Ekim 2022, (Özet Bildiri)
2022
20227. Parkinson hastalarında bilişsel bozukluğun tükürükte entegre metaproteogenomik analizle incelenmesi
ARIKAN M., Yıldız Z., KAHRAMAN DEMİR T., H. YILMAZ N., ŞEN A., HANOĞLU L., et al.
20. Ulusal Sinirbilim Kongresi, Türkiye, 19 - 23 Ekim 2022, (Özet Bildiri)
2021
20218. Parkinson Hastalarında Bilişsel Bozukluk ve Aksiller Mikrobiyota İlişkisi
ARIKAN M., YILDIRIM S.
19. Ulusal Sinirbilim Kongresi, Türkiye, 23 Kasım 2021, (Özet Bildiri)
2013
20139. Konjenital kalp defektli hastalarda yeni nesil dizileme yöntemi ile mitokondriyal mutasyonlar
ABACI N., ARIKAN M., GÖK E., ÇAKİRİS A., SIRMA EKMEKCİ S., TANSEL T., et al.
XIII. Ulusal Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi, Türkiye, 27 - 30 Ekim 2013, (Özet Bildiri)
2011
201110. An Insertion Mutation in the MDFIC (MyoD Family Inhibitor Domain Containing) Gene Defines a Novel Autoinflammatory Syndrome Associated with Lymphedema
GÜL A., ÜSTEK D., HATEMİ G., AZAKLI H., EMRENCE Z., COŞAN F., et al.
75th Annual Scientific Meeting of the American-College-of-Rheumatology (ACR) / 46th Annual Scientific Meeting of the Association-of-Rheumatology-Health-Professionals (ARHP), Amerika Birleşik Devletleri, 4 - 09 Kasım 2011, (Özet Bildiri)
Kitaplar
2022
20221. Mikrobiyom araştırmalarında analitik ve biyoinformatik analizler
YILDIRIM S., ARIKAN M.
Ağız Mikrobiyotası , Altındiş Mustafa, Editör, Nobel Akademik Yayıncılık, Ankara, ss.311-336, 2022
2016
20162. Next-generation sequencing: advantages, disadvantages, and future
ARI Ş., ARIKAN M.
Plant Omics: Trends and Applications, , Editör, Springer, Zürich, ss.109-136, 2016
Desteklenen Projeler
2025 - Devam Ediyor
2025 - Devam EdiyorMikrobiyom Araştırma Çalışmaları Kapsamında Biyoteknoloji Araştırma Laboratuvarı Altyapısı Sürekliliği Desteği
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
ARIKAN M. (Yürütücü), ÇALIŞKAN M., TAVŞANLI N., ERÖZDEN A. A.
2025 - Devam Ediyor
2025 - Devam Ediyorİstanbul Boğazındaki Mikroplastik Kirliliğinin Balık Mikrobiyomlarına Etkilerinin Entegre Multi-Omik Analizlerle İncelenmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
ARIKAN M. (Yürütücü), MÜLAYİM A., TAVŞANLI N., ERÖZDEN A. A., ÇALIŞKAN M., ÇAĞLAR S.
2025 - Devam Ediyor
2025 - Devam EdiyorKriptokrom1 proteini ikincil pakete bağlanan moleküllerin sirkadiyen saat üzerine olan etkilerinin hayvan modelinde incelenmesi, preklinik çalışma
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer
ÇALIŞKAN M. (Yürütücü), BARIŞ İ., KAVAKLI H., OKYAR A., ARIKAN M., ERÖZDEN A. A., et al.
2024 - Devam Ediyor
2024 - Devam Ediyor
Antarktik Toprak Mikrobiyotasında Kolorektal Kanser Tedavisinde Kullanılabilecek Aday Antikanser Peptitlerin Tespiti ve In Vitro Test Edilmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
ARIKAN M. (Yürütücü), ÇALIŞKAN M., TAVŞANLI N., ERÖZDEN A. A., ŞANLI N. Ö., DEMİREL G.
2024 - 2027
2024 - 2027Alfa-Sinükleinopatilerde Ortak Ve Hastalığa Özgü Konak-Mikrobiyom Ilişkilerinin Entegre Multi-Omik Analizlerle Incelenmesi
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
(Proje Özeti)
ARIKAN M. (Yürütücü), ÇALIŞKAN M., YÜCESAN E., KARACAN İ., GÜNDÜZ A., BENBİR ŞENEL G.
2025 - 2026
2025 - 2026Asya kaplan sivrisineğinde Cry toksin etkinliği ile bağırsak mikrobiyotası arasındaki ilişkinin incelenmesi
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
Arikan M., Çalişkan M., Erözden A. A., Tavşanli N., Gün G.
2025 - 2025
2025 - 2025Pestisit kullanımının toprak mikrobiyotasına etkisi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer
ARIKAN M. (Yürütücü), GÖK A.
2024 - 2025
2024 - 2025Antibakteriyel-Biyouyumlu 3B Basılı Salyangoz Müsini-Jelatin (MüJel) Bazlı Yara Örtülerinin Üretimi ve Karakterizasyonu
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
Çalışkan M. (Yürütücü), Arıkan M., Tavşanlı N., Erözden A. A.
2024 - 2025
2024 - 2025Metaproteomik çalışmaları için çevrimiçi biyom özgül protein veri tabanları koleksiyonu oluşturulması
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
Arıkan M. (Yürütücü)
2021 - 2021
2021 - 2021Parkinson Hastalığı Demansı ile Akkermansia Arasındaki İlişkinin Suş Düzeyinde Metagenomik Analizler ve Cins Spesifik Yeni Nesil Dizileme Yaklaşımıyla İncelenmesi
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
Arıkan M. (Yürütücü), Yıldırım S.
2017 - 2018
2017 - 2018Sulfolobus solfataricus P2 Biyodesülfürizasyon Aktivitesinin Transkriptomik Analizi
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
Arıkan M.
2016 - 2018
2016 - 2018Kombucha'daki (Çay Mantarı) Mikrobiyal Kompozisyonun Biyoinformatik Analizi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Doktora
Arıkan M.
2016 - 2017
2016 - 2017Ekinezya Ürünlerine Hile Amaçlı Karıştırılan Parthenıum Integrıfolıum'un Tespiti İçin Bir Yöntem Geliştirilmesi
TAGEM Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü Projesi
Arıkan M. (Yürütücü), Kaya Z. Z.
2015 - 2016
2015 - 2016Gıda Patojenlerinin Tespitine Yönelik Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) Tabanlı Kitler Geliştirilmesi
Diğer Resmi Kurumlarca Desteklenen Proje
Arıkan M. (Yürütücü)
Bilimsel Kuruluşlardaki Üyelikler / Görevler
2023 - Devam Ediyor
2023 - Devam EdiyorInternational Society for Computational Biology (ISCB)
Üye
2018 - Devam Ediyor
2018 - Devam EdiyorFederation of European Microbiological Societies (FEMS)
Üye
2018 - Devam Ediyor
2018 - Devam EdiyorTürk Mikrobiyoloji Cemiyeti
Üye
Bilimsel Yayınlarda Hakemlikler
Kasım 2022
Kasım 2022MSYSTEMS
SCI Kapsamındaki Dergi
Eylül 2020
Eylül 2020ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
SCI Kapsamındaki Dergi
Ödüller
Davetli Konuşmalar
Ekim 2025
Ekim 2025Microbiome analysis using meta-omics techniques
Seminer
İstanbul Medipol Üniversitesi-Türkiye
Mayıs 2025
Mayıs 2025Mikrobiyom Araştırmalarında Multi-Omik Analizler
Seminer
İstanbul Üniversitesi-Türkiye
Mayıs 2025
Mayıs 2025Mikrobiyom Madenciliği
Seminer
İstanbul Üniversitesi Biyolojik Bilimler Kulübü-Türkiye
Mayıs 2025
Mayıs 2025Microbiomes in Context: From Earth to Human Health Through Omics Lenses
Seminer
Gebze Teknik Üniversitesi-Türkiye
Nisan 2025
Nisan 2025Omik Teknolojileri ile Mikrobiyom Madenciliği
Seminer
HÜGEN | III. Genesis Zirvesi-Türkiye
Haziran 2024
Haziran 2024Mikrobiyom Analizlerinde Entegre Multi-Omik Yaklaşımlar
Seminer
Sistem Biyolojisi ve Biyoinformatik Derneği-Türkiye
Şubat 2024
Şubat 2024Mikrobiyom Araştırmalarında Multi-Omik Analizler
Seminer
İstanbul Üniversitesi-Türkiye
Mart 2022
Mart 202216S/18S rRNA Geni Temelli Mikrobiyom Analizlerinde DNA İzolasyonu, Kütüphane Hazırlanması ve Dizileme Yöntemleri
Konferans
1. Ağız Mikrobiyotası Kongresi-Türkiye
Aralık 2021
Aralık 2021Mikrobiyota Analizlerinde Multi-Omik Yaklaşımlar
Konferans
İstanbul Üniversitesi-Türkiye
Ekim 2020
Ekim 2020Mikrobiyom Analiz Teknikleri
Seminer
Geleceğin Bilimi-Türkiye
Şubat 2019
Şubat 2019Metagenomiğe Giriş ve Metagenomik Veri Analizleri
Çalıştay
İstanbul Üniversitesi-Türkiye
Burslar
2023 - 2024
2023 - 2024TÜBİTAK BIDEB-2219
TÜBİTAK
2023 - 2023
2023 - 2023Lindau Nobel Laureate Meeting Grant
Diğer Uluslararası Organizasyonlar
2022 - 2022
2022 - 2022EMBO Travel Grant
Diğer Uluslararası Organizasyonlar
2021 - 2021
2021 - 2021FEMS Research and Training Grant
Diğer Uluslararası Organizasyonlar
2021 - 2021
2021 - 2021TMC Kongre Katılım Desteği
Özel Kurum ve Organizasyonlar
2017 - 2018
2017 - 2018TÜBİTAK BIDEB-2214/A
TÜBİTAK
2012 - 2017
2012 - 2017TÜBİTAK BIDEB-2211
TÜBİTAK
2016 - 2016
2016 - 2016Horizon 2020 Travel Grant
Avrupa Birliği Komisyonu
2010 - 2012
2010 - 2012TÜBİTAK BIDEB-2210
TÜBİTAK
2005 - 2010
2005 - 2010TÜBİTAK BIDEB-2205
TÜBİTAK
Atıflar
Toplam Atıf Sayısı (WOS): 276
h-indeksi (WOS): 11
Jüri Üyelikleri
Mart-2024
Mart 2024